アールメカブ

• バックアップ一覧
• 差分 を表示
• 現在との差分 を表示
• ソース を表示
• Rcpp へ行く。
  • 1 (2010-10-29 (金) 15:27:39)
  • 2 (2010-10-29 (金) 15:43:59)
  • 3 (2011-03-26 (土) 18:46:21)
  • 4 (2011-03-28 (月) 19:04:07)
  • 5 (2011-03-28 (月) 23:39:02)
  • 6 (2011-03-29 (火) 13:29:15)
  • 7 (2011-03-29 (火) 17:31:36)
  • 8 (2011-04-16 (土) 18:55:40)

---

Rの備忘録

dirk.eddelbuettel Rcpp

_ DataFrame? 作成

#include "Rcpp.h"
RcppExport SEXP testDF (){

 Rcpp::IntegerVector v = Rcpp::IntegerVector::create(1,2,3);
 std::vector<std::string> str(3);
    str[0] = "A"; str[1] = "B"; str[2] = "C";
    return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("Var1", v), 
                 Rcpp::Named ("Var2", s),
                 Rcpp::Named("stringsAsFactors", false )); 
// あるいは 
     return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("VAR1") =  v,
                 Rcpp::Named ("VAR2") =  s,  
                 Rcpp::Named("stringsAsFactors") = false ); 	 
}

_ NumericVector?

• 旧来の場合

SEXP mySum( SEXP x){
  int i, nx;
  double *rx = REAL(x), *rans;
  SEXP ans;
  nx = length(x);
  PROTECT(ans = allocVector(REALSXP, 1));
  rans = REAL(ans);
  for(i = 0; i < nx; i++) {
	rans[0] += rx[i];
  }
  UNPROTECT(1);
  return(ans);
 }

x <- .Call("mySum.so", c(1.1, 1.2, 1.3, ))

• inline を使う場合

mySum <- cxxfunction (signature(x = "numeric") , '
 int i, nx;
 double *rx = REAL(x), *rans;
 SEXP ans;
 nx = length(x);
 PROTECT(ans = allocVector(REALSXP, 1));
 rans = REAL(ans);
 for(i = 0; i < nx; i++) {
	rans[0] += rx[i];
 }
 UNPROTECT(1);
 return(ans);
'
)

x <- mySum (c(1.1, 1.2, 1.3))
x

• Rcppオリジナルのインターフェイスを使う場合

SEXP sum( SEXP x_ ){
  Rcpp::NumericVector x(x_) ;
  double res = 0.0 ;
  for( int i=0; i<x.size(), i++){
     res += x[i] ;
  }
  return Rcpp::wrap( res ) ;
}

• Rcpp sugar を使う

SEXP sum( SEXP x_ ){
  NumericVector x(x_) ;
  double res = sum( x ) ;
  return wrap( res ) ;
}

_ CharacterVector?

ここ にあるマンマだが，確かに手素が省ける

• 旧来のインターフェイスを使う場合

SEXP foobar(){
 SEXP ab;
 PROTECT(ab = allocVector(STRSXP, 2));
 SET_STRING_ELT( ab, 0, mkChar("foo") );
 SET_STRING_ELT( ab, 1, mkChar("bar") );
 UNPROTECT(1);
}

• Rcppを使う．その１

SEXP foobar(){
  return Rcpp::CharacterVector::create( "foo", "bar" ) ;
}

• Rcppを使う．その２

SEXP foobar(){
  Rcpp::CharacterVector res(2) ;
  res[0] = "foo" ;
  res[1] = "bar" ;
  return res ;
}

• 以下でちょっと詰まった

RcppExport SEXP testChar (SEXP a, SEXP b){
  Rcpp::CharacterVector xa (a);
  Rcpp::CharacterVector xb (b);

ここで以下はコンパイラを通らない

std::string sxa = xa[0];

以下のようにしないと行けない

  std::string sxa;
  sxa = xa[0];
  std::string sxb;
  sxb = xb[0]; 

_ rcpp のサンプル

Windows 7(64bit) 上の R-2.12.0 環境で，Rcpp_sample.cpp を以下のMakevars を用意．

PKG_CXXFLAGS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()")
PKG_LIBS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()")

してコマンドプロンプトから素直に

R CMD SHLIB Rcpp_sample.cpp
   http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames
g++ -shared -s -static-libgcc -o  Rcpp_sample.dll tmp.def 
  Rcpp_sample.cpp C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/i386/libRcpp.a
-LC:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/bin/i386 -lR

とすると i386 が呼ばれる.確かに

Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()
C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/i386/libRcpp.a

となっている．が，こっちを呼んで欲しい

Rscript --arch x64 -e "Rcpp:::LdFlags()
C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x64/libRcpp.a

やむなく

PKG_LIBS = C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x64/libRcpp.a 

あるいは

PKG_LIBS = -LC:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x64/ -lRcpp

と修正し

R --arch x64 CMD SHLIB Rcpp_sample.cpp

と実行.

dyn.load("Rcpp_sample.dll")