過去の日録
_ 2008年 9 月 28 日 (日) 曇
- 06:00 起床
- 午前
- 午後
- JAGSのモデルブロックで，例えばデータブロックで初期化した X を以下のように右辺に置くと
X[i, j, k, 1:L] ~ dmulti( p[i, j, k, 1:L], n[i, j, k] )
n[i, j, k] <- sum(X[i, j, k, ] )
Unable to resolve parameter n[1,1,1]
(one of its ancestors may be undefined)
と怒られる．2行目の処理はデータブロックに移さないといけないらしい．
JAGSマニュアルver1.0.3の7.0.5節 Data transformations にもそうある．
_ 2008年 9 月 27 日 (土) 晴
- 06:00 起床
- 午前
- rjagsパッケージでモデルファイルを読み込むのにjags.model() 関数を使うのだが，このファイル内にアンダーバーや大文字のiがあると，Parse error を起こすようだ．"I"は，範囲を指定する記法なのだが，JAGSで使えないのかな？それとも本当にインターフェイスのパースエラー？
- マニュアルをちゃんと読むと，31ページに範囲の指定について書いてある．JAGSでは，範囲を指定する記法は使えない．
- dinterval()関数やT演算子を使うらしい．
- 午後．蓬莱でチャーハン520と餃子350.
- RjpWiki? にRでグラフ理論というコンテンツが追加されていたので，Rの備忘録にリンクした．とても面白い．
- dinterval()関数を使ってみるのだが，Rが途中で止まってしまう．なぜだろう．いろいろ試行錯誤してみる．
- ここの23ページ"censoring and truncation" をみると，なぜBUGSのI(,)演算子を採用しなかったのは分かる．とりあえず，
pi1~dbeta(0.5,0.5) I(0,0.5);
は
pi1~dbeta(0.5,0.5) T(, 0.5); #あるいはT(0, 0.5);
としておく．
_ 2008年 9 月 26 日 (金) 雨
- 06:00 起床
- 午前
- rjagsパッケージで遊ぶ．
- MCMCで200万回サンプリングする作業をコンピュータに任せて食事に
- 午後．工学部でスペシャル400．白身魚のフライとハンバーグ，味噌汁，ご飯
- 午後は学務でほとんどつぶれてしまった．
- 20:00頃までK氏，T氏と雑談．
_ 2008年 9 月 25 日 (木) 曇
- 06:00 起床
- 午前
- 昨日ぐらいからRのメーリングリストに[R] Bug in "is" ?という話題があった．もとはといえば
Is there anything wrong in "is" function? (R 2.7.2)
I believe that everyone will agree that "7" is an integer, right? but why R shows 7 is not an integer
is.integer(7)
[1] FALSE
is(7,"integer")
[1] FALSE
is(as.integer(7), "integer")
[1] TRUE
という質問なのだが，追っていると割と面白い話であった．
- Windowsユーザーではないので，winBUGSを直接起動して使うことなんかないのだが，にもかかわらず，昨日からwinBUGSをあれこれいじっている．
- 私がWindowに慣れていないだけなのかもしれないが，winBUGSでは，まったく同じモデルとデータを記述したodtファイルから解析を行おうとしても，範囲指定の仕方が悪いのか何なのか，時によってdata がロードできたり，できなかったりする．マウス操作は苦手だし．．．Windowsユーザーの方で，winBUGSを開いてコマンド書いて解析している人っているのだろうか．
- 横（列）に変数を取った横型データを縦型データフレームに変換 というのを書いた．
- 午後
_ 2008年 9 月 24 日 (水) 曇
- 06:10 起床
- 午前
- もう新学期始まっちゃうのだけど，泥縄で授業準備．
- 豊田秀樹『マルコフ連鎖モンテカルロ法』朝倉書店の応用編を，BRugs パッケージではなく，JAGSを使って実行してみる．p.134の分散分析であれば，このように実行する．
- plot() 関数が複数の図を連続して描画してしまい，最後の図しか確認できない場合は，
par(ask=TRUE)
を最初に実行しておけばよいのだが，さて，すべての図をそれぞれ別の画像ファイルとして保存するには，どうするんだっけ．eps画像やbmp 画像，あるいはpdf ならば，par(ask=T);plot(x) あるいはplot(x,ask=T)として，表示をいったん止め，dev.copy2eps()やdev2bitmap()，dev.copy2pdf() を実行すればいいけど，例えば pngなどにする場合は，どうするかね．
- 『Rの基礎とプログラミング技法』のどこかに書いてあったかな．．．
- ちなみに，pdf("mcmc.pdf", onefile = T) を実行すると，plot.mcmc*の場合，一枚のページに複数画像を保存するのではなく，画像ごとにページを分け，複数ページに分割されたpdfファイルができあがるな．
- 汎用的な引数指定がありそうな気がするのだけど，あるいは，それぞれの関数ごとに，ad hoc に作業しないといけないのかな？
- 午後．工学部スペシャル400．茄子の味噌汁しょっぱい．鶏肉とキャベツ．
- おととい，「『マルコフ連鎖モンテカルロ法』付録のデータセットで，分析用のデータ行列を生成するコードが，書籍に掲載されているデータ表とは違う部分がある」などと書いたが，勘違いであった．具体的には structure 関数が R では，縦方向に行列を埋めていくのに対して，winBUGS では横方向にデータを埋めていくのであった．例えば以下は
structure(.Data = c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10),
.Dim=c(5,2)
winBUGS では
[1] 1 2 3 4 5
[2] 6 7 8 9 10
となるが(winBUGSのメニュー[Info]-[Node Info]-[y]-[values]で確認してみた)，R では
[1] 1 3 5 7 9
[2] 2 4 6 8 10
となる．
- 確認のため，Windowsの方でwinBUGSで操作してみた．バッチファイルか何かを使って，一括して出力させることができるんだろうけど，調べるのもあれなので，マウスで操作した．しかし，使いにくいなぁ．
_ 2008年 9 月 23 日 (火) 晴
- 06:10 起床
- 午前
- 日本語テキストを対象に，文の数，各文の句数，また形態素数を数える関数をRCaBoChaに追加した．他の人に需要があるかは分からないが，これを使って文長の時系列分析を行ってみよう．
- 午後
- ネズミの実験で，治療群とプラシーボ群に分けて投薬するというの事例があるのだけど，この場合のプラシーボってのは，どういう意味を持つのだろうか？
- ええっと，積分消去って，英語で integrate out で良いのかな？例えば&mimetex(\theta_1); を積分消去するのであれば，integrate out the parameter &mimetex(\theta_1); というのかな．
- 北大のK先生のサイトを見て，JAGSを使ってみようと思う．まずSynapticでlapack3, lapack3-devパッケージをインストール．で，INSTALLファイルを読んでから，configureと sudo make all.
_ 2008年 9 月 22 日 (月) 晴
- 06:10 起床
- 午前
- 豊田秀樹『マルコフ連鎖モンテカルロ法』朝倉書店の応用のところを，BRugs パッケージ以外を使って実行している．
- 午後
BUGSのプログラミング流儀には慣れていないので，誤解しているのかもしれないけど，『マルコフ連鎖モンテカルロ法』付録のデータセットで，分析用のデータ行列を生成するコードが，書籍に掲載されているデータ表とは違う部分がある．- S社より，編集内容についての電話．
_ 2008年 9 月 21 日 (日) 曇
_ 2008年 9 月 20 日 (土) 晴
- 06:30 起床
- 午前
- 豊田秀樹『購買心理を読み解く統計学』の序文で，心理学科に進んでくる学生の多くがひどい誤解をしているというところがあり，さもありなんと思う．
- 午後．近所で弁当買ってすます．
- 帰りにBookOff?で何冊か文庫本を仕入れる．向田邦子何冊か仕入れたが，読み始めると止まらなくなった．
_ 2008年 9 月 19 日 (金) 雨
- 06:10 起床
- 台風が接近中．上陸はしない模様．
- 07:30 研究室着
- 午前
- RCaBoChaに，文を句を単位としてカウントする機能をつけようと思い，ソースファイルを書き始めようとして，ふっと気がついた．日本語で句って厳密に定義できるのか．グーぐったりして，WikiPediaなど眺めたが，ちゃんと調べてから着手しよう．
- 午後
_ 2008年 9 月 18 日 (木) 曇
- 06:10 起床
- 午前
- 文長にポアソン分布を仮定して，Bayesで予測を行ってみる．ここにまとめる．
- 午後．工学部でスペシャル400．
_ 2008年 9 月 17 日 (水) 曇
- 06:10 起床
- 午前
- R-2.7.2の改良点に spirinf 関数は結果をUTF-8で返すことができるようになったとある．
- Bayesの計算に合間に，机周りなど掃除．
- 午後．
- K氏N氏来訪．スピーカーBronze Br-1,2 やヘッドフォンSENNHEISER HD595，アンプCR-D2の話など．
_ 2008年 9 月 16 日 (火) 雨 -> 晴
- 06:10 起床
- 午前
- 昨日までに校正した二つの原稿の梱包を終えた．午前中に送ろう．
- 二つ校正終わったので，また別の仕事に入る．
- 午後．郵便局に行き，二つ校正原稿を送付して，帰りに蓬来でチャーハン小520と餃子350．
- Software for Data Analysis: Programming with R が届いているので，眺める．これはS社から翻訳が出ることが決まっている．
- R にtcl/tkオプションを付けてコンパイル，インストールしたけど，今のところ，tcl/tkインターフェイスが起動するのは install.packagesを実行する時ぐらい．サイトを選択するのにわざわざ新規ウィンドウを出してもらってもなぁ．
- 長さが100のベクトル生成をR備忘録に．
_ 2008年 9 月 15 日 (月) 雨
- 06:30 起床
- 午前
- S社第2校をもう一度確認．修正しても（そのままでも）良い点をいくつか見付けた．
- 午後．麺．
- M 社初校の最終確認作業に入る．
- 17:15．一通り校正終了．えらい疲れた．．．
- 初校を返送する用意もしたし，明日午前中に送ろう．
_ 2008年 9 月 14 日 (日) 晴
- 06:30 起床
- 朝方，自衛隊のヘリ2機が，西の方へ飛んでいった．
- 長いこと愛でていたサボテンの一つがへたってしまった．手術して，様子を見る．
- S社の第二稿の確認を終わらせる．
_ 2008年 9 月 13 日 (土) 曇
_ 2008年 9 月 12 日 (金) 晴
- 06:10 起床
- 午前
- 今日も，ひたすらM社の初稿校正．S社の方は，明日集中的に行おう．
- 09:50 とりあえず，ざっと目を通した．今からもう一度読み直し，さらに『統計の基礎』の章の執筆に入る．
- 午後．麺
_ 2008年 9 月 11 日 (木) 晴
- 06:10 起床
- 午前
- 初稿の校正．
- 電話があって，会議を開催中だという．いってみると出席者が全然足らない状況．それから40分ほど待って，ようやく定数に達して会議．会議そのものは10分程度で終了．
- 午後．麺
- 校正．うーん，編集部では細かいところまで，かなり手を入れてくれてるんだけど，その修正が印刷所の作業にはうまく反映されていないようで，もとの文意から微妙にずれてしまっているところが多い．
- 帰り際BookOff?によって，文庫本を仕入れる．
- 帰宅すると，S 社からの第2稿が届いていた．
_ 2008年 9 月 10 日 (水) 曇
- 07:10 起床
- 午前
- 午後．麺
- 「統計の基礎」を付録として追加することにした．
- factor の日本語にいつも迷う．これまで「要因」としてきたが，先月校正の終わった本では「因子」とした．でも，いま校正している本では，やっぱり「要因」のママにしておこうか．我ながら一貫性がないなぁ．
- RMeCabにかなり関数を追加しているので，それにあわせた追記が多くなる．
- 先週の学会出張の際，移動の間，気楽なもの読もうと思って，宮部みゆきや山本周五郎の文庫をBook Off でまとめ買いしたのだが，はまってしまって，帰宅すると，食事や入浴しながらも読み進めてしまう．．．
_ 2008年 9 月 9 日 (火) 晴
_ 2008年 9 月 8 日 (月) 晴
- 07:10 起床
- お昼ごろ，いったん研究室に赴く．
- M 社の初校が届いていた．
_ 2008年 9 月 7 日 (日) 晴
_ 2008年 9 月 6 日 (土) 晴
- 07:10 起床
- 夕方の飛行機なので，とりあえず新宿に出る．新宿は，自分のテリトリーだと思っていたのだが，目的の建物が見付からず（自分の子供の頃は，そんな建物は無かった），角の交番で尋ねる．この交番はちっとも変わっていない．道を教わって三越方面に戻ると，恐ろしく細いビルがあって，その上階が目的の店であった．
- 羽田の6階ラウンジで軽食を取って，搭乗。空港での着陸が、海側からではなく、陸側からの進入であった。珍しいが、何の都合かな？18時過ぎに自宅着．
_ 2008年 9 月 5 日 (金) 晴
- 07:10 起床
- 行動計量学会で発表するため，成蹊大学へ．吉祥寺は，本当に久しぶりである．中学高校の頃はしょっちゅう遊びに来ていた．3本立ての名画劇場が複数あったからだが，もう，取り壊されているんだろうな．駅前に昔の面影はない．周辺を散歩してみたかったが時間の余裕がない．
- バスで成蹊大学に向かう．
- D大のJ先生に久しぶりお会いする．今日，出てこられて，夜には戻られるそうだ．
- 発表を終える．
- 他の方々の発表で，認知意味論や生成文法の仮定を計量的に実証するという内容の話があった．個人的には，認知意味論や生成文法を捨てて確率言語論に入っているので，計量的に実証しようとしたら，逆に反証されてしまった，なんて心配はないのかなぁ，などと思ったりもした．
- 夜はまた中華料理．
_ 2008年 9 月 4 日 (木) 晴
- 07:10 起床
- 12時の飛行機で東京へ．そのまま目黒の白金台に宿泊。ベランダでビールでいっぱい。
- 夜は中華料理を取り寄せたが、食べ過ぎた。
_ 2008年 9 月 3 日 (水) 曇
- 07:10 起床
- 午前
- 週末から行動計量学会だが，別の学会の論文要旨の作成に入る．
- 午後．麺
- とりあえず提出用の論文要旨の作成は完了した
- RMeCabのソースをだいぶ整理したので，WindowsとMacのそれぞれで一通り処理を行ってみた．直感的には，前よりも処理時間が短縮されたように思うのだが．
- S出版に本の要約を送付
- 明日から東京出張なので，細々とした準備に入る．
_ 2008年 9 月 2 日 (火) 晴
_ 2008年 9 月 1 日 (月) 晴
