アールメカブ

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• R_Divisive_Clustering_diana関数とnj関数 へ行く。
  • 1 (2007-09-27 (木) 11:27:34)
  • 2 (2007-09-27 (木) 12:40:05)

パプアニューギニアとオセアニアの諸言語の系統発生を，それらの分布的特徴を使って分類するという課題である．

Baayen pp.154--

phylogeny.dist <- dist(phylogeny[, 3:ncol(phylogeny)], 
         method = "binary")

# 一方の言語のラベルを大文字に変更し，他方は小文字のままにして対照する

plotname <- as.character(phylogeny$Language)
plotname[phylogeny$Family == "Papuan"] <-  
    toupper(plotname[phylogeny$Family == "Papuan"])

# plot する．ここで引数 which.plot = 2 の意味は，print.diana がデフォルトで出力するふたつのグラフの二つめのみを表示するよう指定している．

plot(diana(phylogeny.dist), labels = plotname, 
cex = 0.8,  main = " ", xlab = " ",  which.plot = 2)

なお Baayen では col = c("black","white") と言う引数が与えられているが，これは print.diana メソッドに固有の定義はないようである．