R_Lattice のバックアップ(No.10) - アールメカブ

アールメカブ


R_Lattice のバックアップ(No.10)


Rの備忘録

Lattice Multivariate Data Visualization with R 翻訳メモ

_ 立体画像?

ページの向こうに焦点を合わせるようにして,二つの列を重ね合わせると,奥行きが表現された画像を実感することができる?

lattice97.png

_ cloud() 関数のデフォルト

の viewpoint. screen 引数にリストで指定する.

> cloud(iris[,1] ~ iris[,2] * iris[,3])
> X11()
> cloud(iris[,1] ~ iris[,2] * iris[,3],
    screen = list(z = 40, y = 0, x = -60),
     )

_ hypervariate な平行座標プロット

lattice88.png

ところで,この図を png 化した時に

> data(gvhd10, package = "latticeExtra")
>  png(file = "lattice88.png")
> parallel(~ asinh(gvhd10[c(3, 2, 4, 1, 5)]), data = gvhd10, 
+            subset = Days == "13", alpha = 0.01, lty = 1)
>  dev.off()
X11cairo 
      2 

X11cairo というメッセージを初めてみた.Cairo そのものは,アンチエイリアスを備えた二次元ベクトル・グラフィックスライブラリのことだが.

_ バイオリンプロット.

言い得て妙である.日本風なら,ひょうたんプロットかな? テキスト p.49

lattice49.png

_ 掲載の図が R で実現できない理由

は,著者が dev.copy2eps() 関数ではなく postscript() 関数を使って作図しているからであった.postscript() 関数での作図パラメータは異なる. [#fa03bf9b]

> ?trellis.device
  • 原書 p.57真ん中 (パラグラフ4.1最後)の以下のコードを使ってウィンドウに表示されるグラフは Figure4.3 ではない.
> dotplot(VADeaths, type = "o",
       pch =  1:4, col = 1:4, lty = 1:4,
         key = key.list,
         main = "Death Rates in Virginia - 1940",
         xlab = "Rate (per 1000)")

Figure4.3とまったく同じ図を作成するためには次のコードを実行する.

> key.list <- list( space = "right",
              text =  list(colnames(VADeaths)) ,
              points = list(pch = c(1,3,6,0), col = 1:4),
              lines = list(lty = 1:4, col = 1:4))
> dotplot(VADeaths,
       panel = function (...){
         panel.xyplot(...,  type = "o",
                  panel.grid = panel.grid(h=-1,v=0),
                  pch =  c(1,3,6,0), col = 1:4, lty = 1:4)
         },
         key = key.list,
         main = "Death Rates in Virginia - 1940",
         xlab = "Rate (per 1000)")
  • テキスト p.41 コードをそのまま実行すると次のグラフが作成される.
    lattice43.png
    data(Chem97, package = "mlmRev")
    qqmath(~ gcsescore | gender, Chem97, 
            groups = score, aspect = "xy",  
            f.value = ppoints(100),
             auto.key = list(space = "right") ,
            xlab = "Standard Normal Quantiles", 
            ylab = "Average GCSE Score")

しかし,掲載されているのは次のような図(ただし白黒)

lattice43T.png
pch.col <- sort(unique(Chem97$score)) + 1 

key.list <- list( space = "right",  
    text =  list(as.character(pch.col-1) ) ,  
     points = list(pch = pch.col, col = 1:6  ) )

qqmath(~ gcsescore | gender, Chem97, 
        groups = score, aspect = "xy",  
        f.value = ppoints(100),  pch = pch.col ,
        col = 1:6,    key = key.list, 
        xlab = "Standard Normal Quantiles", 
        ylab = "Average GCSE Score")

Baayen にも同じように,掲載コードとグラフが,R-2.8.1 で再現できない例がある.

library(languageR)
affixes.pr = prcomp(affixProductivity[,
   1:(ncol(affixProductivity)-3)])
library(lattice)
super.sym = trellis.par.get("superpose.symbol")
splom(data.frame(affixes.pr$x[,1:3]), 
groups = affixProductivity$Registers, 
panel  = panel.superpose,
 key    = list(
 title  = "texts in productivity space",
 text   = list(c("Religious", "Children", 
 "Literary", "Other")),
points = list(pch = super.sym$pch[1:4],
col = super.sym$col[1:4])))
dim(affixes.pr$rotation)
affixes.pr$rotation[1:10, 1:3]   

/key リスト points をみると,super.sym$pch[1:4] という指定があり, /これは記号をカテゴリごとに変更するつもりなのだろうが,デフォルトの/R_trellis.par.get の出力は / $pch / [1] 1 1 1 1 1 1 1 /なので,記号はすべて 1,つまり○に決まっている. / points = list(pch = super.sym$pch[1:4], /の部分を / points = list(pch = 1:4 /とすれば,テキスト記載の図になるが,これは筆者のミスなのか, /あるいは,Latticeで何か設定に変更が行われた結果なのか? /latticeの以前の設定は,どうだったのだろうか,と思って, /R-2.5.1のままになっているLinuxマシンで実行したら, /結果は上と変わらん.