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[[Rの備忘録]]
[[Lattice Multivariate Data Visualization with R:http://www.springer.com/statistics/computational/book/978-0-387-75968-5]] 翻訳メモ
[[原著者サイト:http://lmdvr.r-forge.r-project.org/figures/figures.html]]
#contents
* grid は Load されない? [#q86a192a]
> demo("labels", package = "lattice")
が動かない.
以下にエラー do.call("trellis.skeleton", c(list(formula = formula,
cond = cond, :
関数 "textGrob" を見つけることができませんでした
gridパッケージで定義されている textGrob にアクセスできない.
わざわざ
> library(gird)
と実行するか,あるいは
> file.show(system.file("demo/labels.R", package = "lattice"))
の
qq(gl(2, 100) ~ c(runif(100, min = -2, max = 2), rnorm(100)),
xlab =
textGrob(rep("Uniform", 2),
x = unit(.5, "npc") + unit(c(.5, 0), "mm"),
y = unit(.5, "npc") + unit(c(0, .5), "mm"),
gp = gpar(col = c("black", "red"), cex = 3)),
ylab =
textGrob(rep("Normal", 2), rot = 90,
x = unit(.5, "npc") + unit(c(.5, 0), "mm"),
y = unit(.5, "npc") + unit(c(0, .5), "mm"),
gp = gpar(col = c("black", "red"), cex = 3)),
main = "Q-Q plot")
の textGrob,unit,gpar に grid:: を冠する必要がある.
> sessionInfo()
を確認すると
loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.8.1 tools_2.8.1
と表示され,ロードはされているが,アタッチはされていない.
* 異なる尺度を一つの軸に描くテクニック. [#n5f8c365]
#ref(lattice150.png);
> axis.CF <- function(side, ...) {
if (side == "right") {
F2C <- function(f) 5 * (f - 32) / 9
C2F <- function(c) 32 + 9 * c / 5
ylim <- current.panel.limits()$ylim
prettyF <- pretty(ylim)
prettyC <- pretty(F2C(ylim))
panel.axis(side = side, outside = TRUE, at = prettyF,
tck = 5, line.col = "grey65", text.col = "grey35")
panel.axis(side = side, outside = TRUE, at = C2F(prettyC),
labels = as.character(prettyC),
tck = 1, line.col = "black", text.col = "black")
}
else axis.default(side = side, ...)
}
> xyplot(nhtemp ~ time(nhtemp), aspect = "xy", type = "o",
scales = list(y = list(alternating = 2, tck = c(1, 5))),
axis = axis.CF, xlab = "Year", ylab = "Temperature",
main = "Yearly temperature in New Haven, CT",
key = list(text = list(c("(Celsius)", "(Fahrenheit)"),
col = c("black", "grey35")), columns = 2))
* クラインの壺 [#y8ec15db]
#ref(lattice113.png);
kx <- function(u, v)
cos(u) * (r + cos(u/2) * sin(t*v) - sin(u/2) * sin(2*t*v))
ky <- function(u, v)
sin(u) * (r + cos(u/2) * sin(t*v) - sin(u/2) * sin(2*t*v))
kz <- function(u, v)
sin(u/2) * sin(t*v) + cos(u/2) * sin(t*v)
n <- 50
u <- seq(0.3, 1.25, length = n) * 2 * pi
v <- seq(0, 1, length = n) * 2 * pi
um <- matrix(u, length(u), length(u))
vm <- matrix(v, length(v), length(v), byrow = TRUE)
r <- 2
t <- 1
wireframe(kz(um, vm) ~ kx(um, vm) + ky(um, vm),
shade = TRUE, screen = list(z = 170, x = -60),
alpha = 0.75, panel.aspect = 0.6, aspect = c(1, 0.4))
* 立体画像? [#t2fc24c4]
ページの向こうに焦点を合わせるようにして,二つの列を重ね合わせると,奥行きが表現された画像を実感することができる?
#ref(lattice97.png);
* cloud() 関数のデフォルト [#s52528df]
の viewpoint. screen 引数にリストで指定する.
> cloud(iris[,1] ~ iris[,2] * iris[,3])
> X11()
> cloud(iris[,1] ~ iris[,2] * iris[,3],
screen = list(z = 40, y = 0, x = -60),
)
* hypervariate な平行座標プロット [#qcd62b9a]
#ref(lattice88.png);
ところで,この図を png 化した時に
> data(gvhd10, package = "latticeExtra")
> png(file = "lattice88.png")
> parallel(~ asinh(gvhd10[c(3, 2, 4, 1, 5)]), data = gvhd10,
+ subset = Days == "13", alpha = 0.01, lty = 1)
> dev.off()
X11cairo
2
X11cairo というメッセージを初めてみた.Cairo そのものは,アンチエイリアスを備えた二次元ベクトル・グラフィックスライブラリのことだが.
* バイオリンプロット. [#mc94f3e0]
言い得て妙である.日本風なら,ひょうたんプロットかな? テキスト p.49
#ref(lattice49.png);
* 掲載の図が R で実現できない理由 [#r5a00e6b]
は,著者が dev.copy2eps() 関数ではなく postscript() 関数を使って作図しているからであった.postscript() 関数での作図パラメータは異なる. [#fa03bf9b]
> ?trellis.device
- 原書 p.57真ん中 (パラグラフ4.1最後)の以下のコードを使ってウィンドウに表示されるグラフは Figure4.3 ではない.
> dotplot(VADeaths, type = "o",
pch = 1:4, col = 1:4, lty = 1:4,
key = key.list,
main = "Death Rates in Virginia - 1940",
xlab = "Rate (per 1000)")
Figure4.3とまったく同じ図を作成するためには次のコードを実行する.
> key.list <- list( space = "right",
text = list(colnames(VADeaths)) ,
points = list(pch = c(1,3,6,0), col = 1:4),
lines = list(lty = 1:4, col = 1:4))
> dotplot(VADeaths,
panel = function (...){
panel.xyplot(..., type = "o",
panel.grid = panel.grid(h=-1,v=0),
pch = c(1,3,6,0), col = 1:4, lty = 1:4)
},
key = key.list,
main = "Death Rates in Virginia - 1940",
xlab = "Rate (per 1000)")
- テキスト p.41
コードをそのまま実行すると次のグラフが作成される.
#ref(lattice43.png);
data(Chem97, package = "mlmRev")
qqmath(~ gcsescore | gender, Chem97,
groups = score, aspect = "xy",
f.value = ppoints(100),
auto.key = list(space = "right") ,
xlab = "Standard Normal Quantiles",
ylab = "Average GCSE Score")
しかし,掲載されているのは次のような図(ただし白黒)
#ref(lattice43T.png);
pch.col <- sort(unique(Chem97$score)) + 1
key.list <- list( space = "right",
text = list(as.character(pch.col-1) ) ,
points = list(pch = pch.col, col = 1:6 ) )
qqmath(~ gcsescore | gender, Chem97,
groups = score, aspect = "xy",
f.value = ppoints(100), pch = pch.col ,
col = 1:6, key = key.list,
xlab = "Standard Normal Quantiles",
ylab = "Average GCSE Score")
[[Baayen>R_Baayen]] にも同じように,掲載コードとグラフが,R-2.8.1 で再現できない例がある.
library(languageR)
affixes.pr = prcomp(affixProductivity[,
1:(ncol(affixProductivity)-3)])
library(lattice)
super.sym = trellis.par.get("superpose.symbol")
splom(data.frame(affixes.pr$x[,1:3]),
groups = affixProductivity$Registers,
panel = panel.superpose,
key = list(
title = "texts in productivity space",
text = list(c("Religious", "Children",
"Literary", "Other")),
points = list(pch = super.sym$pch[1:4],
col = super.sym$col[1:4])))
dim(affixes.pr$rotation)
affixes.pr$rotation[1:10, 1:3]
/key リスト points をみると,super.sym$pch[1:4] という指定があり,
/これは記号をカテゴリごとに変更するつもりなのだろうが,デフォルトの/[[R_trellis.par.get]] の出力は
/ $pch
/ [1] 1 1 1 1 1 1 1
/なので,記号はすべて 1,つまり○に決まっている.
/ points = list(pch = super.sym$pch[1:4],
/の部分を
/ points = list(pch = 1:4
/とすれば,テキスト記載の図になるが,これは筆者のミスなのか,
/あるいは,Latticeで何か設定に変更が行われた結果なのか?
/latticeの以前の設定は,どうだったのだろうか,と思って,
/R-2.5.1のままになっているLinuxマシンで実行したら,
/結果は上と変わらん.