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[[Rの備忘録]] [[Lattice Multivariate Data Visualization with R:http://www.springer.com/statistics/computational/book/978-0-387-75968-5]] 翻訳メモ [[原著者サイト:http://lmdvr.r-forge.r-project.org/figures/figures.html]] #contents * grid は Load されない？ [#q86a192a] > demo("labels", package = "lattice") が動かない． 以下にエラー do.call("trellis.skeleton", c(list(formula = formula, cond = cond, : 関数 "textGrob" を見つけることができませんでした gridパッケージで定義されている textGrob にアクセスできない． わざわざ > library(gird) と実行するか，あるいは > file.show(system.file("demo/labels.R", package = "lattice")) の qq(gl(2, 100) ~ c(runif(100, min = -2, max = 2), rnorm(100)), xlab = textGrob(rep("Uniform", 2), x = unit(.5, "npc") + unit(c(.5, 0), "mm"), y = unit(.5, "npc") + unit(c(0, .5), "mm"), gp = gpar(col = c("black", "red"), cex = 3)), ylab = textGrob(rep("Normal", 2), rot = 90, x = unit(.5, "npc") + unit(c(.5, 0), "mm"), y = unit(.5, "npc") + unit(c(0, .5), "mm"), gp = gpar(col = c("black", "red"), cex = 3)), main = "Q-Q plot") の textGrob，unit，gpar に grid:: を冠する必要がある. > sessionInfo() を確認すると loaded via a namespace (and not attached): [1] grid_2.8.1 tools_2.8.1 と表示され，ロードはされているが，アタッチはされていない． * 異なる尺度を一つの軸に描くテクニック． [#n5f8c365] #ref(lattice150.png); > axis.CF <- function(side, ...) { if (side == "right") { F2C <- function(f) 5 * (f - 32) / 9 C2F <- function(c) 32 + 9 * c / 5 ylim <- current.panel.limits()$ylim prettyF <- pretty(ylim) prettyC <- pretty(F2C(ylim)) panel.axis(side = side, outside = TRUE, at = prettyF, tck = 5, line.col = "grey65", text.col = "grey35") panel.axis(side = side, outside = TRUE, at = C2F(prettyC), labels = as.character(prettyC), tck = 1, line.col = "black", text.col = "black") } else axis.default(side = side, ...) } > xyplot(nhtemp ~ time(nhtemp), aspect = "xy", type = "o", scales = list(y = list(alternating = 2, tck = c(1, 5))), axis = axis.CF, xlab = "Year", ylab = "Temperature", main = "Yearly temperature in New Haven, CT", key = list(text = list(c("(Celsius)", "(Fahrenheit)"), col = c("black", "grey35")), columns = 2)) * クラインの壺 [#y8ec15db] #ref(lattice113.png); kx <- function(u, v) cos(u) * (r + cos(u/2) * sin(t*v) - sin(u/2) * sin(2*t*v)) ky <- function(u, v) sin(u) * (r + cos(u/2) * sin(t*v) - sin(u/2) * sin(2*t*v)) kz <- function(u, v) sin(u/2) * sin(t*v) + cos(u/2) * sin(t*v) n <- 50 u <- seq(0.3, 1.25, length = n) * 2 * pi v <- seq(0, 1, length = n) * 2 * pi um <- matrix(u, length(u), length(u)) vm <- matrix(v, length(v), length(v), byrow = TRUE) r <- 2 t <- 1 wireframe(kz(um, vm) ~ kx(um, vm) + ky(um, vm), shade = TRUE, screen = list(z = 170, x = -60), alpha = 0.75, panel.aspect = 0.6, aspect = c(1, 0.4)) * 立体画像？ [#t2fc24c4] ページの向こうに焦点を合わせるようにして，二つの列を重ね合わせると，奥行きが表現された画像を実感することができる？ #ref(lattice97.png); * cloud() 関数のデフォルト [#s52528df] の viewpoint. screen 引数にリストで指定する． > cloud(iris[,1] ~ iris[,2] * iris[,3]) > X11() > cloud(iris[,1] ~ iris[,2] * iris[,3], screen = list(z = 40, y = 0, x = -60), ) * hypervariate な平行座標プロット [#qcd62b9a] #ref(lattice88.png); ところで，この図を png 化した時に > data(gvhd10, package = "latticeExtra") > png(file = "lattice88.png") > parallel(~ asinh(gvhd10[c(3, 2, 4, 1, 5)]), data = gvhd10, + subset = Days == "13", alpha = 0.01, lty = 1) > dev.off() X11cairo 2 X11cairo というメッセージを初めてみた．Cairo そのものは，アンチエイリアスを備えた二次元ベクトル・グラフィックスライブラリのことだが． * バイオリンプロット． [#mc94f3e0] 言い得て妙である．日本風なら，ひょうたんプロットかな？ テキスト p.49 #ref(lattice49.png); * 掲載の図が R で実現できない理由 [#r5a00e6b] は，著者が dev.copy2eps() 関数ではなく postscript() 関数を使って作図しているからであった．postscript() 関数での作図パラメータは異なる． [#fa03bf9b] > ?trellis.device - 原書 p.57真ん中 (パラグラフ4.1最後)の以下のコードを使ってウィンドウに表示されるグラフは Figure4.3 ではない． > dotplot(VADeaths, type = "o", pch = 1:4, col = 1:4, lty = 1:4, key = key.list, main = "Death Rates in Virginia - 1940", xlab = "Rate (per 1000)") Figure4.3とまったく同じ図を作成するためには次のコードを実行する． > key.list <- list( space = "right", text = list(colnames(VADeaths)) , points = list(pch = c(1,3,6,0), col = 1:4), lines = list(lty = 1:4, col = 1:4)) > dotplot(VADeaths, panel = function (...){ panel.xyplot(..., type = "o", panel.grid = panel.grid(h=-1,v=0), pch = c(1,3,6,0), col = 1:4, lty = 1:4) }, key = key.list, main = "Death Rates in Virginia - 1940", xlab = "Rate (per 1000)") - テキスト p.41 コードをそのまま実行すると次のグラフが作成される． #ref(lattice43.png); data(Chem97, package = "mlmRev") qqmath(~ gcsescore | gender, Chem97, groups = score, aspect = "xy", f.value = ppoints(100), auto.key = list(space = "right") , xlab = "Standard Normal Quantiles", ylab = "Average GCSE Score") しかし，掲載されているのは次のような図（ただし白黒） #ref(lattice43T.png); pch.col <- sort(unique(Chem97$score)) + 1 key.list <- list( space = "right", text = list(as.character(pch.col-1) ) , points = list(pch = pch.col, col = 1:6 ) ) qqmath(~ gcsescore | gender, Chem97, groups = score, aspect = "xy", f.value = ppoints(100), pch = pch.col , col = 1:6, key = key.list, xlab = "Standard Normal Quantiles", ylab = "Average GCSE Score") [[Baayen>R_Baayen]] にも同じように，掲載コードとグラフが，R-2.8.1 で再現できない例がある． library(languageR) affixes.pr = prcomp(affixProductivity[, 1:(ncol(affixProductivity)-3)]) library(lattice) super.sym = trellis.par.get("superpose.symbol") splom(data.frame(affixes.pr$x[,1:3]), groups = affixProductivity$Registers, panel = panel.superpose, key = list( title = "texts in productivity space", text = list(c("Religious", "Children", "Literary", "Other")), points = list(pch = super.sym$pch[1:4], col = super.sym$col[1:4]))) dim(affixes.pr$rotation) affixes.pr$rotation[1:10, 1:3] /key リスト points をみると，super.sym$pch[1:4] という指定があり， /これは記号をカテゴリごとに変更するつもりなのだろうが，デフォルトの/[[R_trellis.par.get]] の出力は / $pch / [1] 1 1 1 1 1 1 1 /なので，記号はすべて １，つまり○に決まっている． / points = list(pch = super.sym$pch[1:4], /の部分を / points = list(pch = 1:4 /とすれば，テキスト記載の図になるが，これは筆者のミスなのか， /あるいは，Latticeで何か設定に変更が行われた結果なのか？ /latticeの以前の設定は，どうだったのだろうか，と思って， /R-2.5.1のままになっているLinuxマシンで実行したら， /結果は上と変わらん．