アールメカブ

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• R_biplot へ行く。
  • 1 (2008-04-25 (金) 18:21:15)

Rの備忘録

2008年4月24日の日録にも書いたが

R の biplot 関数なのだが，この出力の x 軸，y 軸それぞれの数値は何を意味しているのか，今更ながら，そんなことを疑問に思った．

x <- princomp(USArrests)
biplot(x)

とすると，Hawaiiが右下，上側 X 軸が 400 のあたり，右側 Y 軸が -500 あたりにプロットされているのだが，

> x$scores[rownames(x$scores) == "Hawaii"]
[1] 123.536106 -24.291208   3.724443   3.472849

と関係ない数値なんだが．loadings の方もグラフのメモリと一致していないんだが，なんか勘違いしているのか?

> caith.ca <- corresp(caith, nf = 4)
> biplot ( caith.ca)
> caith.ca

これも黒髪のスコアはblack 2.45 1.651 で，グラフ上にはちゃんとプロットされているのだが，グラフの目盛のどこを見ても 2 を越える範囲はない．

• それで，冷静に考えて

> getS3method("biplot", "default")
> getS3method("biplot", "princomp")

の中身を検討した．見てみて，何だ，そうかと．

> t(t(USA$scores[, 1:2])/  (USA$sdev[1:2] * sqrt(USA$n.obs))  )
> t(t(USA$loadings[, 1:2]) *  (USA$sdev[1:2] * sqrt(USA$n.obs))  )

によって生成される得点による各州の座標は，下の X 軸，左の Y 軸と一致している．