アールメカブ

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[[Rの備忘録]]

[[dirk.eddelbuettel Rcpp:http://dirk.eddelbuettel.com/code/rcpp.html]]

#contents


* DataFrame 作成 [#x092ad8e]

 #include "Rcpp.h"
 RcppExport SEXP testDF (){
 
  Rcpp::IntegerVector v = Rcpp::IntegerVector::create(1,2,3);
  std::vector<std::string> str(3);
     str[0] = "A"; str[1] = "B"; str[2] = "C";
     return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("Var1", v), 
                  Rcpp::Named ("Var2", s),
                  Rcpp::Named("stringsAsFactors", false )); 
 // あるいは 
      return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("VAR1") =  v,
                  Rcpp::Named ("VAR2") =  s,  
                  Rcpp::Named("stringsAsFactors") = false ); 	 
 }

*  NumericVector [#r8c3eeb8]

[[ここ:http://stackoverflow.com/questions/4106174/where-can-i-learn-to-how-to-write-c-code-to-speed-up-slow-r-functions]] にあるマンマ

旧来の場合

 SEXP sum ( SEXP x, SEXP y ){
  int i, j, nx, ny;
  double tmp, *rx = REAL(x), *ry = REAL(y), *rans;
  SEXP ans;
  nx = length(x); ny = length(y);
  PROTECT(ans = allocMatrix(REALSXP, nx, ny));
  rans = REAL(ans);
  for(i = 0; i < nx; i++) {
	tmp = rx[i];
	for(j = 0; j < ny; j++)
	  rans[i + nx*j] = tmp * ry[j];
  }
  UNPROTECT(1);
  return(ans);
 }

Rcppオリジナルのインターフェイスを使う場合

 SEXP sum( SEXP x_ ){
   Rcpp::NumericVector x(x_) ;
   double res = 0.0 ;
   for( int i=0; i<x.size(), i++){
      res += x[i] ;
   }
   return Rcpp::wrap( res ) ;
 }

Rcpp sugar を使う

 SEXP sum( SEXP x_ ){
   NumericVector x(x_) ;
   double res = sum( x ) ;
   return wrap( res ) ;
 }


* CharacterVector [#pa7dd8c1]

[[ここ:http://stackoverflow.com/questions/4106174/where-can-i-learn-to-how-to-write-c-code-to-speed-up-slow-r-functions]] にあるマンマだが，確かに手素が省ける

旧来のインターフェイスを使う場合

 SEXP foobar(){
  SEXP ab;
  PROTECT(ab = allocVector(STRSXP, 2));
  SET_STRING_ELT( ab, 0, mkChar("foo") );
  SET_STRING_ELT( ab, 1, mkChar("bar") );
  UNPROTECT(1);
 }

Rcppを使う．その１ 

 SEXP foobar(){
   return Rcpp::CharacterVector::create( "foo", "bar" ) ;
 }

Rcppを使う．その２

 SEXP foobar(){
   Rcpp::CharacterVector res(2) ;
   res[0] = "foo" ;
   res[1] = "bar" ;
   return res ;
 }

- 以下でちょっと詰まった

 RcppExport SEXP testChar (SEXP a, SEXP b){
   Rcpp::CharacterVector xa (a);
   Rcpp::CharacterVector xb (b);
ここで以下はコンパイラを通らない
 std::string sxa = xa[0];
以下のようにしないと行けない
   std::string sxa;
   sxa = xa[0];
   std::string sxb;
   sxb = xb[0]; 

* rcpp のサンプル [#xada24e9]

Windows 7(64bit) 上の R-2.12.0 環境で，Rcpp_sample.cpp を以下のMakevars を用意．

 PKG_CXXFLAGS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()")
 PKG_LIBS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()")

してコマンドプロンプトから素直に 

 R CMD SHLIB Rcpp_sample.cpp
    http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames
 g++ -shared -s -static-libgcc -o  Rcpp_sample.dll tmp.def 
   Rcpp_sample.cpp C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/i386/libRcpp.a
 -LC:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/bin/i386 -lR

とすると i386 が呼ばれる.確かに

 Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()
 C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/i386/libRcpp.a

となっている．が，こっちを呼んで欲しい

 Rscript --arch x64 -e "Rcpp:::LdFlags()
 C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x64/libRcpp.a

やむなく

 PKG_LIBS = C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x64/libRcpp.a 

あるいは

 PKG_LIBS = -LC:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x64/ -lRcpp

と修正し

 R --arch x64 CMD SHLIB Rcpp_sample.cpp

と実行.

 dyn.load("Rcpp_sample.dll")