[[Rの備忘録]] [[dirk.eddelbuettel Rcpp:http://dirk.eddelbuettel.com/code/rcpp.html]] #contents * DataFrame 作成 [#x092ad8e] #include "Rcpp.h" RcppExport SEXP testDF (){ Rcpp::IntegerVector v = Rcpp::IntegerVector::create(1,2,3); std::vector<std::string> str(3); str[0] = "A"; str[1] = "B"; str[2] = "C"; return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("Var1", v), Rcpp::Named ("Var2", s), Rcpp::Named("stringsAsFactors", false )); // あるいは return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("VAR1") = v, Rcpp::Named ("VAR2") = s, Rcpp::Named("stringsAsFactors") = false ); } * NumericVector [#r8c3eeb8] - 旧来の場合 SEXP mySum( SEXP x){ int i, nx; double *rx = REAL(x), *rans; SEXP ans; nx = length(x); PROTECT(ans = allocVector(REALSXP, 1)); rans = REAL(ans); for(i = 0; i < nx; i++) { rans[0] += rx[i]; } UNPROTECT(1); return(ans); } x <- .Call("mySum.so", c(1.1, 1.2, 1.3, )) -- inline を使う場合 mySum <- cxxfunction (signature(x = "numeric") , ' int i, nx; double *rx = REAL(x), *rans; SEXP ans; nx = length(x); PROTECT(ans = allocVector(REALSXP, 1)); rans = REAL(ans); for(i = 0; i < nx; i++) { rans[0] += rx[i]; } UNPROTECT(1); return(ans); ' ) x <- mySum (c(1.1, 1.2, 1.3)) x - Rcppオリジナルのインターフェイスを使う場合 SEXP sum( SEXP x_ ){ Rcpp::NumericVector x(x_) ; double res = 0.0 ; for( int i=0; i<x.size(), i++){ res += x[i] ; } return Rcpp::wrap( res ) ; } - Rcpp sugar を使う SEXP sum( SEXP x_ ){ NumericVector x(x_) ; double res = sum( x ) ; return wrap( res ) ; } * CharacterVector [#pa7dd8c1] [[ここ:http://stackoverflow.com/questions/4106174/where-can-i-learn-to-how-to-write-c-code-to-speed-up-slow-r-functions]] にあるマンマだが,確かに手素が省ける - 旧来のインターフェイスを使う場合 SEXP foobar(){ SEXP ab; PROTECT(ab = allocVector(STRSXP, 2)); SET_STRING_ELT( ab, 0, mkChar("foo") ); SET_STRING_ELT( ab, 1, mkChar("bar") ); UNPROTECT(1); } - Rcppを使う.その1 SEXP foobar(){ return Rcpp::CharacterVector::create( "foo", "bar" ) ; } - Rcppを使う.その2 SEXP foobar(){ Rcpp::CharacterVector res(2) ; res[0] = "foo" ; res[1] = "bar" ; return res ; } - 以下でちょっと詰まった RcppExport SEXP testChar (SEXP a, SEXP b){ Rcpp::CharacterVector xa (a); Rcpp::CharacterVector xb (b); ここで以下はコンパイラを通らない std::string sxa = xa[0]; 以下のようにしないと行けない std::string sxa; sxa = xa[0]; std::string sxb; sxb = xb[0]; * rcpp のサンプル [#xada24e9] Windows 7(64bit) 上の R-2.12.0 環境で,Rcpp_sample.cpp を以下のMakevars を用意. PKG_CXXFLAGS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()") PKG_LIBS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()") してコマンドプロンプトから素直に R CMD SHLIB Rcpp_sample.cpp http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames g++ -shared -s -static-libgcc -o Rcpp_sample.dll tmp.def Rcpp_sample.cpp C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/i386/libRcpp.a -LC:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/bin/i386 -lR とすると i386 が呼ばれる.確かに Rscript -e "Rcpp:::LdFlags() C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/i386/libRcpp.a となっている.が,こっちを呼んで欲しい Rscript --arch x64 -e "Rcpp:::LdFlags() C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x64/libRcpp.a やむなく PKG_LIBS = C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x64/libRcpp.a あるいは PKG_LIBS = -LC:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x64/ -lRcpp と修正し R --arch x64 CMD SHLIB Rcpp_sample.cpp と実行. dyn.load("Rcpp_sample.dll")