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[[Rの備忘録]]
[[dirk.eddelbuettel Rcpp:http://dirk.eddelbuettel.com/code/rcpp.html]]
#contents
* DataFrame 作成 [#x092ad8e]
#include "Rcpp.h"
RcppExport SEXP testDF (){
Rcpp::IntegerVector v = Rcpp::IntegerVector::create(1,2,3);
std::vector<std::string> str(3);
str[0] = "A"; str[1] = "B"; str[2] = "C";
return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("Var1", v),
Rcpp::Named ("Var2", s),
Rcpp::Named("stringsAsFactors", false ));
// あるいは
return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("VAR1") = v,
Rcpp::Named ("VAR2") = s,
Rcpp::Named("stringsAsFactors") = false );
}
* NumericVector [#r8c3eeb8]
- 旧来の場合
// 旧来の場合
SEXP mySum( SEXP x){
int i, nx;
double *rx = REAL(x), *rans;
SEXP ans;
nx = length(x);
PROTECT(ans = allocVector(REALSXP, 1));
rans = REAL(ans);
for(i = 0; i < nx; i++) {
// 戻り値を用意
SEXP ans;
int i, nx;
// SEXPは直接操作できないので,C固有のポインタを用意
double *rx = REAL(x), *rans;
nx = length(x);
// ans を初期化.R側で解放されないようプロテクト
PROTECT(ans = allocVector(REALSXP, 1));
// ans の操作は,そのポインタを保持するCのポインタを使う
rans = REAL(ans);
for(i = 0; i < nx; i++) {
// Cのポインタを操作することで,ans を操作する
rans[0] += rx[i];
}
UNPROTECT(1);
return(ans);
}
UNPROTECT(1);//プロテクトを外す
return(ans);
}
x <- .Call("mySum.so", c(1.1, 1.2, 1.3, ))
# R CMD SHLIB mySum.cpp
> dyn.load ("mySum.so")
> x <- .Call("mySum", c(1.1, 1.2, 1.3, ))
-- inline を使う場合
mySum <- cxxfunction (signature(x = "numeric") , '
int i, nx;
double *rx = REAL(x), *rans;
SEXP ans;
nx = length(x);
PROTECT(ans = allocVector(REALSXP, 1));
rans = REAL(ans);
for(i = 0; i < nx; i++) {
rans[0] += rx[i];
}
UNPROTECT(1);
return(ans);
'
)
x <- mySum (c(1.1, 1.2, 1.3))
x
- Rcppオリジナルのインターフェイスを使う場合
SEXP sum( SEXP x_ ){
Rcpp::NumericVector x(x_) ;
double res = 0.0 ;
for( int i=0; i<x.size(), i++){
res += x[i] ;
}
return Rcpp::wrap( res ) ;
}
- Rcpp sugar を使う
SEXP sum( SEXP x_ ){
NumericVector x(x_) ;
double res = sum( x ) ;
return wrap( res ) ;
}
* CharacterVector [#pa7dd8c1]
[[ここ:http://stackoverflow.com/questions/4106174/where-can-i-learn-to-how-to-write-c-code-to-speed-up-slow-r-functions]] にあるマンマだが,確かに手素が省ける
[[ここ:http://stackoverflow.com/questions/4106174/where-can-i-learn-to-how-to-write-c-code-to-speed-up-slow-r-functions]] にあるマンマだが,確かに手素が省ける.ただし mkChar よりも mkCharCE を使うべきかも知れない.
- 旧来のインターフェイスを使う場合
SEXP foobar(){
SEXP ab;
PROTECT(ab = allocVector(STRSXP, 2));
SET_STRING_ELT( ab, 0, mkChar("foo") );
SET_STRING_ELT( ab, 1, mkChar("bar") );
UNPROTECT(1);
}
- Rcppを使う.その1
SEXP foobar(){
return Rcpp::CharacterVector::create( "foo", "bar" ) ;
}
- Rcppを使う.その2
SEXP foobar(){
Rcpp::CharacterVector res(2) ;
res[0] = "foo" ;
res[1] = "bar" ;
return res ;
}
- 以下でちょっと詰まった
RcppExport SEXP testChar (SEXP a, SEXP b){
Rcpp::CharacterVector xa (a);
Rcpp::CharacterVector xb (b);
ここで以下はコンパイラを通らない
std::string sxa = xa[0];
以下のようにしないと行けない
std::string sxa;
sxa = xa[0];
std::string sxb;
sxb = xb[0];
* rcpp のサンプル [#xada24e9]
Windows 7(64bit) 上の R-2.12.0 環境で,Rcpp_sample.cpp を以下のMakevars を用意.
PKG_CXXFLAGS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()")
PKG_LIBS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()")
してコマンドプロンプトから素直に
R CMD SHLIB Rcpp_sample.cpp
http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames
g++ -shared -s -static-libgcc -o Rcpp_sample.dll tmp.def
Rcpp_sample.cpp C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/i386/libRcpp.a
-LC:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/bin/i386 -lR
とすると i386 が呼ばれる.確かに
Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()
C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/i386/libRcpp.a
となっている.が,こっちを呼んで欲しい
Rscript --arch x64 -e "Rcpp:::LdFlags()
C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x64/libRcpp.a
やむなく
PKG_LIBS = C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x64/libRcpp.a
あるいは
PKG_LIBS = -LC:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x64/ -lRcpp
と修正し
R --arch x64 CMD SHLIB Rcpp_sample.cpp
と実行.
dyn.load("Rcpp_sample.dll")