アールメカブ

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[[Rの備忘録]]

[[dirk.eddelbuettel Rcpp:http://dirk.eddelbuettel.com/code/rcpp.html]]

#contents

* 引数を受ける [#a24d18a1]
こんな感じで利用するのが一番楽？

 SEXP anyFunc ( SEXP arg1, SEXP arg2) {
 
 int a1 = as<int> (arg1); int a2 = as<int> (arg2); 
 
 ...
 }

推奨は

  Rcpp::List rparam(params);    
  std::string str   = Rcpp::as<std::string>(rparam["moji"]);
  double num1     = Rcpp::as<double>(rparam["num1"]);
  int   int1       = Rcpp::as<int>(rparam["num2"]);

 params <- list (moji ='hogehoge',  num1= 3.14,  num2 =10)

 func  <- function ( parL ) { 
  .Call("RcppParams", params = parL  )}

 x <- func (params)

でちとメンドイ

古い Rcpp (RcppClassic) では


    RcppParams par(params);
    double num1   = par.getDoubleValue("num1");
    int int1  = par.getIntValue("num2");
    string str = par.getStringValue("txt");
    bool yn    = par.getBoolValue("yesno");


* DataFrame 作成 [#x092ad8e]

 #include "Rcpp.h"
 RcppExport SEXP testDF (){
 
  Rcpp::IntegerVector v = Rcpp::IntegerVector::create(1,2,3);
  std::vector<std::string> str(3);
     str[0] = "A"; str[1] = "B"; str[2] = "C";
     return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("Var1", v), 
                  Rcpp::Named ("Var2", s),
                  Rcpp::Named("stringsAsFactors", false )); 
 // あるいは 
      return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("VAR1") =  v,
                  Rcpp::Named ("VAR2") =  s,  
                  Rcpp::Named("stringsAsFactors") = false ); 	 
 }

*  NumericVector [#r8c3eeb8]



- 旧来の場合
 // 旧来の場合
 SEXP mySum( SEXP x){
 
  // 戻り値を用意
  SEXP ans;
  int i, nx;
  // SEXPは直接操作できないので，C固有のポインタを用意
  double *rx = REAL(x), *rans;
  
  nx = length(x);
  // ans を初期化．R側で解放されないようプロテクト
  PROTECT(ans = allocVector(REALSXP, 1));
  // ans の操作は，そのポインタを保持するCのポインタを使う
  rans = REAL(ans);
  for(i = 0; i < nx; i++) {
	// Cのポインタを操作することで，ans を操作する
	rans[0] += rx[i];
  }
  UNPROTECT(1);//プロテクトを外す
  return(ans);
 }

 # R CMD SHLIB mySum.cpp

 > dyn.load ("mySum.so")
 > x <- .Call("mySum", c(1.1, 1.2, 1.3, ))

-- inline を使う場合


 mySum <- cxxfunction (signature(x = "numeric") , '
  int i, nx;
  double *rx = REAL(x), *rans;
  SEXP ans;
  nx = length(x);
  PROTECT(ans = allocVector(REALSXP, 1));
  rans = REAL(ans);
  for(i = 0; i < nx; i++) {
	rans[0] += rx[i];
  }
  UNPROTECT(1);
  return(ans);
 '
 )
 
 x <- mySum (c(1.1, 1.2, 1.3))
 x

 

- Rcppオリジナルのインターフェイスを使う場合

 SEXP sum( SEXP x_ ){
   Rcpp::NumericVector x(x_) ;
   double res = 0.0 ;
   for( int i=0; i<x.size(), i++){
      res += x[i] ;
   }
   return Rcpp::wrap( res ) ;
 }

- Rcpp sugar を使う

 SEXP sum( SEXP x_ ){
   NumericVector x(x_) ;
   double res = sum( x ) ;
   return wrap( res ) ;
 }


* CharacterVector [#pa7dd8c1]

[[ここ:http://stackoverflow.com/questions/4106174/where-can-i-learn-to-how-to-write-c-code-to-speed-up-slow-r-functions]] にあるマンマだが，確かに手素が省ける．ただし mkChar よりも mkCharCE を使うべきかも知れない．

- 旧来のインターフェイスを使う場合

 SEXP foobar(){
  SEXP ab;
  PROTECT(ab = allocVector(STRSXP, 2));
  SET_STRING_ELT( ab, 0, mkChar("foo") );
  SET_STRING_ELT( ab, 1, mkChar("bar") );
  UNPROTECT(1);
 }

- Rcppを使う．その１ 

 SEXP foobar(){
   return Rcpp::CharacterVector::create( "foo", "bar" ) ;
 }

- Rcppを使う．その２

 SEXP foobar(){
   Rcpp::CharacterVector res(2) ;
   res[0] = "foo" ;
   res[1] = "bar" ;
   return res ;
 }

- 以下でちょっと詰まった

 RcppExport SEXP testChar (SEXP a, SEXP b){
   Rcpp::CharacterVector xa (a);
   Rcpp::CharacterVector xb (b);
ここで以下はコンパイラを通らない
 std::string sxa = xa[0];
以下のようにしないと行けない
   std::string sxa;
   sxa = xa[0];
   std::string sxb;
   sxb = xb[0]; 

* rcpp のサンプル [#xada24e9]

Windows 7(64bit) 上の R-2.12.0 環境で，Rcpp_sample.cpp を以下のMakevars を用意．

 PKG_CXXFLAGS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()")
 PKG_LIBS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()")

してコマンドプロンプトから素直に 

 R CMD SHLIB Rcpp_sample.cpp
    http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames
 g++ -shared -s -static-libgcc -o  Rcpp_sample.dll tmp.def 
   Rcpp_sample.cpp C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/i386/libRcpp.a
 -LC:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/bin/i386 -lR

とすると i386 が呼ばれる.確かに

 Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()
 C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/i386/libRcpp.a

となっている．が，こっちを呼んで欲しい

 Rscript --arch x64 -e "Rcpp:::LdFlags()
 C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x64/libRcpp.a

やむなく

 PKG_LIBS = C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x64/libRcpp.a 

あるいは

 PKG_LIBS = -LC:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x64/ -lRcpp

と修正し

 R --arch x64 CMD SHLIB Rcpp_sample.cpp

と実行.

 dyn.load("Rcpp_sample.dll")