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アールメカブ
R_対数線形モデル
をテンプレートにして作成
開始行:
*対数線形モデル [#s27adafb]
関連ページ: [[多重ロジットモデルの解釈>R_multinom]]
データは東大「人文社会科学の統計学」 p.277
飽和モデル，独立モデル
social.mobility2 <-
array(c(
517, 244, 250,
152, 351, 328,
7, 13, 140,
441, 159, 272,
130, 227, 351,
24, 21, 268
),
dim = c(3,3, 2),
dimnames =
list(
father = c("white","blue","agri" ), # = c(1) 行
child = c( "white","blue","agri"), # = c(2) 列
year= c("1985", "1975") # = c(3) 次元
)
)
class(social.mobility2 ) <- "table"
ftable(social.mobility2)
library(MASS)
# 3次の効果を含めた飽和モデルは，自由度ゼロなので必ず適合...
social.mobility2.loglm <-
loglm(~father + child + year +
father:child + father:year + child:year +
child:father:year,
data=social.mobility2)
anova(social.mobility2.loglm, test="Chisq")
# 以下は，3次の効果を外した同時独立モデルだが，これに有意...
stepAIC(social.mobility2.loglm)
#(テキストによれば) child と father の各組ごとの組み合わ...
social.mobility2.loglm3 <-
loglm(~father + child + year
+ father:child + father:year + child:year, data=socia...
anova(social.mobility2.loglm3, test="Chisq")
# さらに同じことだが，loglin() 関数を利用してもよい
social.mobility2.loglin3 <- loglin(social.mobility2 ,
list(c(1), c(2),c(3), c(1,2), c(2,3), c(1,3)))
# あるいは交互作用に関わる項は暗黙のうちに含まれるので
social.mobility2.loglm3 <- loglm(social.mobility2,
list(c(1,2), c(2,3), c(1,3)))
# anova(social.mobility2.loglin3, test="Chisq")
# summary(social.mobility2.loglin3)
1 - pchisq(social.mobility2.loglin3$lrt,
social.mobility2.loglin3$df)
1 - pchisq(social.mobility2.loglin3$pearson,
social.mobility2.loglin3$df)#
# 東大「人文社会の統計学」 p.276
# log m = u... + ui.. + u.j. + u..k + uij. + ui.k + u.jk...
# ここで uij. ui.k u.jk がそれぞれ，father:child, fath...
# を表しているが
# uijk (p.276下から12行目), すなわち father:child:year
# は含まれていないモデル
# なお u... は全体平均 grandmean は暗黙のうちに含まれる
# ui.. 行平均 u.j. 列平均 u..k 軸平均は それぞれ要因 f...
# を指定して含まれる
対数線形モデルは対応のないことが前提とされている．
参考
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/mb-arc/arc036/08918...
> 2*2*5の3要因の度数の比較を行いたいのですが，一つの要因...
<
>SAS なら Proc catmod, proc genmod でできるようです。例え...
<
http://www.id.unizh.ch/software/unix/statmath/sas/sasdoc/...
>ここでGEEについて触れてますが，そうするとGEEのできるソフ...
<
http://www.id.unizh.ch/software/unix/statmath/sas/sasdoc/...
終了行:
*対数線形モデル [#s27adafb]
関連ページ: [[多重ロジットモデルの解釈>R_multinom]]
データは東大「人文社会科学の統計学」 p.277
飽和モデル，独立モデル
social.mobility2 <-
array(c(
517, 244, 250,
152, 351, 328,
7, 13, 140,
441, 159, 272,
130, 227, 351,
24, 21, 268
),
dim = c(3,3, 2),
dimnames =
list(
father = c("white","blue","agri" ), # = c(1) 行
child = c( "white","blue","agri"), # = c(2) 列
year= c("1985", "1975") # = c(3) 次元
)
)
class(social.mobility2 ) <- "table"
ftable(social.mobility2)
library(MASS)
# 3次の効果を含めた飽和モデルは，自由度ゼロなので必ず適合...
social.mobility2.loglm <-
loglm(~father + child + year +
father:child + father:year + child:year +
child:father:year,
data=social.mobility2)
anova(social.mobility2.loglm, test="Chisq")
# 以下は，3次の効果を外した同時独立モデルだが，これに有意...
stepAIC(social.mobility2.loglm)
#(テキストによれば) child と father の各組ごとの組み合わ...
social.mobility2.loglm3 <-
loglm(~father + child + year
+ father:child + father:year + child:year, data=socia...
anova(social.mobility2.loglm3, test="Chisq")
# さらに同じことだが，loglin() 関数を利用してもよい
social.mobility2.loglin3 <- loglin(social.mobility2 ,
list(c(1), c(2),c(3), c(1,2), c(2,3), c(1,3)))
# あるいは交互作用に関わる項は暗黙のうちに含まれるので
social.mobility2.loglm3 <- loglm(social.mobility2,
list(c(1,2), c(2,3), c(1,3)))
# anova(social.mobility2.loglin3, test="Chisq")
# summary(social.mobility2.loglin3)
1 - pchisq(social.mobility2.loglin3$lrt,
social.mobility2.loglin3$df)
1 - pchisq(social.mobility2.loglin3$pearson,
social.mobility2.loglin3$df)#
# 東大「人文社会の統計学」 p.276
# log m = u... + ui.. + u.j. + u..k + uij. + ui.k + u.jk...
# ここで uij. ui.k u.jk がそれぞれ，father:child, fath...
# を表しているが
# uijk (p.276下から12行目), すなわち father:child:year
# は含まれていないモデル
# なお u... は全体平均 grandmean は暗黙のうちに含まれる
# ui.. 行平均 u.j. 列平均 u..k 軸平均は それぞれ要因 f...
# を指定して含まれる
対数線形モデルは対応のないことが前提とされている．
参考
http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/mb-arc/arc036/08918...
> 2*2*5の3要因の度数の比較を行いたいのですが，一つの要因...
<
>SAS なら Proc catmod, proc genmod でできるようです。例え...
<
http://www.id.unizh.ch/software/unix/statmath/sas/sasdoc/...
>ここでGEEについて触れてますが，そうするとGEEのできるソフ...
<
http://www.id.unizh.ch/software/unix/statmath/sas/sasdoc/...
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