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アールメカブ
R_二元配置モデルでの summary.lm のパラメータの意味
をテンプレートにして作成
開始行:
*2007 08 30 [#w721abf4]
John Verzani p.336 の構造モデルから判断すると，すべてベー...
# 二元配置の分散分析
frogs3<- read.csv(
"http://150.59.18.68/frogs3.csv",
header = FALSE)
# header = FALSE で，列名はファイルに未設定と指示
# なお列名が未定義の場合，自動的に V1, V2, V3 などの名前...
# 二つの要因がある場合，それらをチルダ記号の右側に ＋ 記...
frogs3.aov<- aov(V1 ~ V2 + V3, data = frogs3)
summary(frogs3.aov)
summary.lm(frogs3.aov)
# Intercept は V2 = 12H かつ V3 = 100ug の場合．繰り返し...
# この標準偏差は sqrt(7.51/6)．これは V2 V3 の自由度の積か
# 2行目の V224H は sqrt(2 *7.51/9)．9 は V2 の繰り返し数か
# Intercept は V2 が 12H で V3 が 100 ug の場合
# 2行目 V224H は V2 が 24H の場合の Intercept(V2=12Hかつ ...
同じく，p.332 によれば共分散分析では，連続量はスロープを...
regrowth <- read.table(
"http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/
therbook/data/ipomopsis.txt",
header = T)
ancova1<- lm(Fruit ~ Grazing * Root)
summary(ancova1)
anova(ancova1)
共分散分析での各パラメータの標準誤差の計算は [[Crawlye Th...
また共分散分析での「修正平均」の求めかたは [[Crawley S-PL...
# Faraway (2006) よりデータを借用
babyfood <- read.table(file =
http://150.59.18.68/babyfood.txt")
babyfood
# データから要因別に罹患比率を求めて分割表にする．xtabs()...
xtabs(disease/(disease+nondisease) ~ sex + food,
babyfood)
# ロジスティック回帰分析を実行する
# 目的変数を 2 項分布とした一般化線形モデル glm() による
model1 <- glm(cbind(disease, nondisease) ~ sex + food,
family = binomial, data = babyfood)
# glm は一般化線形モデルを実行する関数．family は分布を指...
summary(model1) # 要約を見る
drop1(model1, test = "Chi") # 各項は有意か
exp(-.669) # 母乳の効果を確認する
model.matrix(model1)
# Intercept は Boy で Bottle
# sexGirl は Girl の場合の Intercept との差
# foodBreast は Intercept (Boy Bottle) の場合に比べての差
# foodSuppl は Intercept (Boy Bottle) の場合に比べての差
終了行:
*2007 08 30 [#w721abf4]
John Verzani p.336 の構造モデルから判断すると，すべてベー...
# 二元配置の分散分析
frogs3<- read.csv(
"http://150.59.18.68/frogs3.csv",
header = FALSE)
# header = FALSE で，列名はファイルに未設定と指示
# なお列名が未定義の場合，自動的に V1, V2, V3 などの名前...
# 二つの要因がある場合，それらをチルダ記号の右側に ＋ 記...
frogs3.aov<- aov(V1 ~ V2 + V3, data = frogs3)
summary(frogs3.aov)
summary.lm(frogs3.aov)
# Intercept は V2 = 12H かつ V3 = 100ug の場合．繰り返し...
# この標準偏差は sqrt(7.51/6)．これは V2 V3 の自由度の積か
# 2行目の V224H は sqrt(2 *7.51/9)．9 は V2 の繰り返し数か
# Intercept は V2 が 12H で V3 が 100 ug の場合
# 2行目 V224H は V2 が 24H の場合の Intercept(V2=12Hかつ ...
同じく，p.332 によれば共分散分析では，連続量はスロープを...
regrowth <- read.table(
"http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/
therbook/data/ipomopsis.txt",
header = T)
ancova1<- lm(Fruit ~ Grazing * Root)
summary(ancova1)
anova(ancova1)
共分散分析での各パラメータの標準誤差の計算は [[Crawlye Th...
また共分散分析での「修正平均」の求めかたは [[Crawley S-PL...
# Faraway (2006) よりデータを借用
babyfood <- read.table(file =
http://150.59.18.68/babyfood.txt")
babyfood
# データから要因別に罹患比率を求めて分割表にする．xtabs()...
xtabs(disease/(disease+nondisease) ~ sex + food,
babyfood)
# ロジスティック回帰分析を実行する
# 目的変数を 2 項分布とした一般化線形モデル glm() による
model1 <- glm(cbind(disease, nondisease) ~ sex + food,
family = binomial, data = babyfood)
# glm は一般化線形モデルを実行する関数．family は分布を指...
summary(model1) # 要約を見る
drop1(model1, test = "Chi") # 各項は有意か
exp(-.669) # 母乳の効果を確認する
model.matrix(model1)
# Intercept は Boy で Bottle
# sexGirl は Girl の場合の Intercept との差
# foodBreast は Intercept (Boy Bottle) の場合に比べての差
# foodSuppl は Intercept (Boy Bottle) の場合に比べての差
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