最近の暇つぶし
#ref(): File not found: "nchar.png" at page "日録"
grDevices::X11.options(fonts = c("-*-gothic-%s-%s-normal--%d-*-*-*-*-*-*-*", "-adobe-symbol-*-*-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*"))
ps.options(family= "Japan1")# 2010 06 01 Ubuntu 10.04
R を管理者権限で実行し
以上です
RExcel を含め、古いRにインストールしていたパッケージをすべて新しい環境に移したい場合は
http://sunsite.univie.ac.at/rcom/ トップメニュー Wiki -> 左フレーム How to upgrade R with our packages installed
その他,中澤先生のサイトも参照ください
準備途上 Windows 用実行ファイル &ref(): File not found: "ism20091124.R" at page "Rの備忘録";
R についての最近のメモ
とりあえずここを参考にサンプルを実行してみる
## a simple editor for matrix objects. Method $edit() changes some ## range of values; method $undo() undoes the last edit. mEditor <- setRefClass("matrixEditor", fields = list( data = "matrix", edits = "list"), methods = list( edit = function(i, j, value) { ## the following string documents the edit method 'Replaces the range [i, j] of the object by value. ' backup <- list(i, j, data[i,j]) data[i,j] <<- value edits <<- c(list(backup), edits) invisible(value) }, undo = function() { 'Undoes the last edit() operation and update the edits field accordingly. ' prev <- edits if(length(prev)) prev <- prev[[1]] else stop("No more edits to undo") edit(prev[[1]], prev[[2]], prev[[3]]) ## trim the edits list length(edits) <<- length(edits) - 2 invisible(prev) } )) xMat <- matrix(1:12,4,3) xx <- mEditor$new(data = xMat) xx$edit(2, 2, 0) xx$data xx$undo() mEditor$help("undo") stopifnot(all.equal(xx$data, xMat)) ## add a method to save the object mEditor$methods( save = function(file) { 'Save the current object on the file in R external object format. ' base::save(.self, file = file) } ) tf <- tempfile() xx$save(tf) #$
期待値が5未満のセルが20%あるといけないなどというが,一度,この根拠をしらべてみたことがある.このWikiのどこかにあるはずなのだが,みつからない.で,青木先生のサイトに情報があった.
Rで作成した日本語入りEPSを, Windows の CS3 で確実に読みこんでもらうには
library(Cairo) CairoFonts( regular="IPA P明朝,IPAPMincho:style=Regular", bold="IPA Pゴシック,IPAPGothic:style=Regular,Bold", italic="IPA P明朝,IPAPMincho:style=Regular,Italic", bolditalic="IPA Pゴシック,IPAPGothic:style=Regular,Bold Italic,BoldItalic") CairoPS(file = "/home/ishida/cairo.ps", bg="white") plot(1:10, 1:10, main ="テスト", cex = 1.2) dev.off() embedFonts(file ="~/cairo.ps", outfile ="~/Cairo2.eps" )
としておく.ここも参照
根本的解決に至っていないが R 上で日本語を含む PDF を作成できない. とりあえず
library(Cairo) # CairoFonts(regular="VL ゴシック,VL Gothic:style=regular") CairoFonts(regular="IPA P明朝,IPAPMincho:style=Regular") CairoPS(file = "Fig", bg="white")
hogehoge
dev.off()
として ps を作成し,変換しておく
twitteR のインストールに必要だが,'curl' と 'libcurl3 に加えて,以下のコマンドの出力が示すように libcurl4-openssl-dev が必要
$ apt-cache search libcurl3-dev libcurl4-openssl-dev - Development files and documentation for libcurl (OpenSSL) $ apt-get install libcurl4-openssl-dev
ここ を参照
x <- 0 y <- if(x + 1){ x + 100 }else{ x - 100 } y [1] 100 # y <- if(x + 1) cat("TRUE\n")# else cat("FALSE\n") if(y <- x + 1) cat("TRUE\n") else cat("FALSE\n")
2校演算子の定義するためにはクオートするが,呼び出しは以下のように,ダブルコーテーションも使えるのか
> str(`*`) function (e1, e2) > get("*") function (e1, e2) .Primitive("*") > `*`(3,3) [1] 9 > get("*") function (e1, e2) .Primitive("*") > "*"(3,3) [1] 9
> `like this` <- 2 > "like that" <- 3 > print(`like this`) [1] 2 > print("like that") [1] "like that"
res.pc <- princomp(res, scale = 1) rownames(res.pc$loadings) <- c("安部","麻生","福田","鳩山") names(res.pc$scale) <- c("安部","麻生","福田","鳩山
もっとエレガントな方法(関数)があったような。
> a <- c("A","A", "B", "A") > b <- c("A","B", "C", "A", "B") > c <- c("C","A", "C", "B", "A", "B") > > abc <- list(a,b,c) > names(abc) <- c("あ","い","う") > abc $あ [1] "A" "A" "B" "A" $い [1] "A" "B" "C" "A" "B" $う [1] "C" "A" "C" "B" "A" "B" > > abc2 <- lapply(abc, table) > abc2 $あ A B 3 1 $い A B C 2 2 1 $う A B C 2 2 2 > abc3 <- lapply(abc2, data.frame) > abc3 $あ Var1 Freq 1 A 3 2 B 1 $い Var1 Freq 1 A 2 2 B 2 3 C 1 $う Var1 Freq 1 A 2 2 B 2 3 C 2 > library(reshape) 要求されたパッケージ plyr をロード中です > melt(abc3) Using Var1 as id variables Using Var1 as id variables Using Var1 as id variables Var1 variable value L1 1 A Freq 3 あ 2 B Freq 1 あ 3 A Freq 2 い 4 B Freq 2 い 5 C Freq 1 い 6 A Freq 2 う 7 B Freq 2 う 8 C Freq 2 う
> x <- data.frame(Age = c(20,20,30,30,30), Sex =c("F","M","M", "F", "F"), Data = c(1,2,3,4,5)) > x Age Sex Data 1 20 F 1 2 20 M 2 3 30 M 3 4 30 F 4 5 30 F 5 > x$Combi <- interaction(x$Age, x$Sex ,drop = TRUE) > x Age Sex Data Combi 1 20 F 1 20.F 2 20 M 2 20.M 3 30 M 3 30.M 4 30 F 4 30.F 5 30 F 5 30.F
因子の組み合わせの中に,該当データがない場合は注意
configure: error: missing required header GL/gl.h
freeglut3, freeglut3-dev, libgl1-mesa-dev, libglu1-mesa-dev, mesa-common-dev,xlibmesa-gl-dev
を追加する.
久しぶり Ubuntu で Lattice グラフを作成しようとしたら
semi-transparency not supported on device
のメッセージ.R-2.9.0 から Cairo 周りが強化されたためか.慌てて Cairo 関連のライブラリ libcairo2 など追加.
sudo apt-get install libcairo2-dev sudo apt-get install libxt-dev
R もコンパイルし直した.
Ghostscrip がバージョンアップするたびに,設定の調整が必要になる...
ghostscript設定など、奥村さんのページが参考になった。 ほかにこことここR_font.size
Ubuntu 9.04
gs-cjk-resource cmap-adobe-japan1 cmap-adobe-japan2
をインストールし、また cidfmap は作成しないで
grDevices::X11.options (fonts = c("-vlgothic-gothic-medium-r-normal--*-*-*-*-*-*-jisx0201.1976-0", "-adobe-symbol-*-*-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*")) ps.options(family= "Japan1GothicBBB")
# あるいは
ps.options(family= "Japan1Ryumin") plot(1:10, 1:10, main ="テスト", cex = 1.2) dev.copy2eps(file = "~/Document/tmp/test.eps")
で OK
あるいは
ps.options(family= "Japan1")# HeiseiKakuGo-W5 plot(1:10, 1:10, main ="テスト", cex = 1.2) dev.copy2eps(file = "~/Document/tmp/test.eps", family= "Japan1GothicBBB")
&mimetex({13}_P_{3}); デフォルトでは関数がない
prod(1:13) / prod(1:10)
では、まだ gamma() 関数を使って計算していたけど、factorial()関数が、確か R-1.9 ぐらいから実装されたので、prod(1:13)は factorial(13)でもいい。
&mimetex({13}_C_{3});
prod(1:13) / (prod(1:3) * prod(1:10))
これは
choose(13,3)
がある. 一昔前のRでは、問題あって使えなかった関数だったと思うが、今は問題ないのかな。
Mac 版 ESS で R を起動したらローケルが C になっている. emacs.elに以下を追記したら,日本語で起動できた.しばらく Mac でESS を使っていなかったのだが,以前は,以下2行はなくとも日本語モードで起動したような気がするのだが.
(set-locale-environment "utf-8") (setenv "LANG" "ja_JP.UTF-8")
ついでに ESS 上では
options(device = "quartz")
と指定する..Rprofile の設定も見直す.
R_font.sizeも参照
X11.options(fonts=c("-ipamona-gothic-medium-r-normal--0-0-0-0-m-0-jisx0212.1", "-adobe-symbol-*-*-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*")) ps.options(family= "Japan1")
####
X11.options(fonts=c("-misc-vl gothic-medium-r-normal--%d-*-*-*-*-*-jisx0201.1976-*", "-adobe-symbol-*-*-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*"))
ps.options(family= "Japan1Ryumin")
パッケージのインストールのたびに tcl のウィジェットが起動するのはうっとうしいので,次のようにコンパイルした.
./configure --without-tcltk
detach(package:MASS)
citation("hoge")
については:松田 紀之 著『質的情報の多変量解析』 の効果項の推定や 効果ベクトルβ, デザイン行列 X の構成,あるいはここの資料33ページをみるように.
> methods(biplot) # で確認して > getS3method("biplot", "default") 任意のメソッドを表示
は,ループ内ではさらに cat しないと出力しない模様
substring(Sys.time(),0,10)
x <- c(1,3,NA,5,NA) any(is.na(x)) which(is.na(x)) x[which(is.na(x))]
any(is.na(data$x)) data$x[which(is.na(data$x))] # それはどこ # こんな風に書いてみても良いかな ifelse(any(is.na( data$x )), which(is.na( data$x )), "not found")
sqrt(2 * (1 - X %*% t(X) ) ) # 『Rで学ぶクラスタ解析』p.75より
p-value が小さすぎと... Baayen p.248
不適切な記述がかなり残っていると思われる.
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