Site admin: motohiro PukiWiki 1.5.1 © 2001-2016 PukiWiki Development Team. Powered by PHP 7.4.33
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&htmlinsert(amazon,transitional,"asins=4627848412");&htmlinsert(amazon,transitional,"asins=4431712186");&htmlinsert(amazon,transitional,"asins=4431713123"); &htmlinsert(amazon,transitional,"asins=4431100113");&htmlinsert(amazon,transitional,"asins=4431100474");&htmlinsert(amazon,transitional,"asins=4431100695"); &htmlinsert(amazon,transitional,"asins=4431100881"); X11.options(fonts=c("-sazanami-gothic-medium-r-normal--0-0-0-0-*-0-jisx0212.1990-0", "-adobe-symbol-*-*-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*")); # 2010 06 01 Ubuntu 10.04 ps.options(family= "Japan1")# 2010 06 01 Ubuntu 10.04 #contents //http://gensen.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/ //http://cse.niaes.affrc.go.jp/miwa/ja/R/setup290/index.html //http://www2.hyo-med.ac.jp/~tanimura/R/R.html * 自作パッケージ [#x2383529] - &size(20){&color(blue){[[RMeCab]]パッケージ};}; データ解析・グラフィックス環境 &size(18){[[R:http://cran.md.tsukuba.ac.jp/]]}; から日本語形態素解析ソフト''&color(blue){和布蕪};( [[MeCab:http://mecab.sourceforge.net/]] )''を呼び出して使うインターフェイス -- [[R2MeCab]] ：[[RMeCab]]のサブセット．実装関数は三つだけです． -&size(20){&color(blue){[[RCaBoCha]]パッケージ};}; データ解析・グラフィックス環境 &size(18){[[R:http://cran.md.tsukuba.ac.jp/]]}; から日本語係り受け判定ソフト''&color(blue){南瓜};( [[CaBoCha:http://sourceforge.net/projects/cabocha/]] )''を呼び出して使うインターフェイス //** [[R_source>RSource]] [#p537302d] * R の参考書 [#b1682569] //&htmlinsert(amazontext,asin=,text=); -&htmlinsert(amazontext,asin=4627848412,text=『Rによるテキストマイニング入門』森北出版); ：R でコーパス・テキスト・言語処理を行うための入門書ですが，第3章にRの包括的な入門があります． -&htmlinsert(amazontext,asin=4431712186,text=U・リゲス著『Rの基礎とプログラミング技法』シュプリンガー社); 中級者になるために． -&htmlinsert(amazontext,asin=4431713123,text=B・エヴェリット著『RとS-PLUSによる多変量解析』シュプリンガー社); 解析をばりばり行うために． -&htmlinsert(amazontext,asin=4431100474,text=P・スペクター著『Rデータ自由自在』シュプリンガー社); データをばりばり処理するために． -&htmlinsert(amazontext,asin=4274067572,text=青木繁伸『Rによる統計解析』オーム社); R のプログラミングテクニックを学ぶために． - &htmlinsert(amazontext,asin=4627096011,text=金明哲『Rによるデータサイエンス』森北書店); R での解析手法に慣れるために． - &htmlinsert(amazontext,asin=4777511847,text=舟尾暢男『データ解析環境「R」』工学社); とにかく R を使ってみたい． -&htmlinsert(amazontext,asin=4894717573,text=中澤港『Rによる統計解析の基礎』ピアソンエデュケーション); 統計学と R を同時に学びたい． * 資料 [#sb73f487] - [[統計数理研究所公開講座:http://www.ism.ac.jp/lectures/21n.html]] 準備途上 Windows 用実行ファイル &ref(ism20091124.R); -第91回行動計量シンポジウム &ref(管理者/TextMining2.pdf); -行動計量学会第35回全国大会 関係 (チュートリアルpdf &ref(管理者/HowToR.pdf); ＆発表pdf &ref(管理者/bsj2007.pdf); ) //＆発表pdf):http://150.59.18.68/]] -[[統計的言語処理]] - ラプラス近似．[[ここによいメモ:http://d.hatena.ne.jp/triadsou/20090217/1234865055]] -------------------------------- &size(22){R についての最近のメモ}; //CENTER:&size(22){&color(red){R を使い始めた頃からのメモ};}; ////////////////////////////////////////////////////////////// //-[[R_入力ソースの判定]] * RCurl [#t0c8b845] twitteR のインストールに必要だが,'curl' と 'libcurl3 に加えて,以下のコマンドの出力が示すように libcurl4-openssl-dev が必要 $ apt-cache search libcurl3-dev libcurl4-openssl-dev - Development files and documentation for libcurl (OpenSSL) $ apt-get install libcurl4-openssl-dev [[ここ:https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2007-October/143351.html]] を参照 * if の返り値 [#y0541570] x <- 0 y <- if(x + 1){ x + 100 }else{ x - 100 } y [1] 100 # y <- if(x + 1) cat("TRUE\n")# else cat("FALSE\n") if(y <- x + 1) cat("TRUE\n") else cat("FALSE\n") * lme による分散成分の標準誤差 [#z6bda2d5] -- Rjpwikiに lme の出力から分散成分の標準誤差を取り出したいという議論があるが,Batesがしばしば指摘しているよう[[A:http://www.mail-archive.com/r-help@stat.math.ethz.ch/msg67236.html]],[[B:https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mixed-models/2010q1/003373.html]]) に,確率区間を使うべき.確率区間の計算は interval.lme() だから getS3method("interval", "lme") を実行して,一度アルゴリズムを確認すれば良いかなと思うのだけど. * .Primitives [#p4ecb1dd] 2校演算子の定義するためにはクオートするが,呼び出しは以下のように,ダブルコーテーションも使えるのか > str(`*`) function (e1, e2) > get("*") function (e1, e2) .Primitive("*") > `*`(3,3) [1] 9 > get("*") function (e1, e2) .Primitive("*") > "*"(3,3) [1] 9 > `like this` <- 2 > "like that" <- 3 > print(`like this`) [1] 2 > print("like that") [1] "like that" [[R-helpより:http://www.mail-archive.com/r-help@stat.math.ethz.ch/msg76430.html]] * Rを最新版にした結果、RExcel が起動しなくなった場合 [#mc7e7679] R を管理者権限で実行し + R のメニュー パッケージ を使って Rcmdr をインストール + R のメニュー パッケージ を使って RExcelInstaller をインストール + library(RExcelInstaller) を実行 + installRExcel() を実行する + Setup ウイザードの指示に従って next, install をクリックしていく + 念のため RExcel を管理者権限で実行 以上です RExcel を含め、古いRにインストールしていたパッケージをすべて新しい環境に移したい場合は http://sunsite.univie.ac.at/rcom/ トップメニュー Wiki -> 左フレーム How to upgrade R with our packages installed *[[Cairo]] [#g9b156f4] * [[R_64_bit_packages]] [#o1658143] * biplot のラベルを変える [#e1990575] res.pc <- princomp(res, scale = 1) rownames(res.pc$loadings) <- c("安部","麻生","福田","鳩山") names(res.pc$scale) <- c("安部","麻生","福田","鳩山 * 要素の長さが違うリストからテーブルを作る [#g94cece7] もっとエレガントな方法（関数）があったような。 > a <- c("A","A", "B", "A") > b <- c("A","B", "C", "A", "B") > c <- c("C","A", "C", "B", "A", "B") > > abc <- list(a,b,c) > names(abc) <- c("あ","い","う") > abc $あ [1] "A" "A" "B" "A" $い [1] "A" "B" "C" "A" "B" $う [1] "C" "A" "C" "B" "A" "B" > > abc2 <- lapply(abc, table) > abc2 $あ A B 3 1 $い A B C 2 2 1 $う A B C 2 2 2 > abc3 <- lapply(abc2, data.frame) > abc3 $あ Var1 Freq 1 A 3 2 B 1 $い Var1 Freq 1 A 2 2 B 2 3 C 1 $う Var1 Freq 1 A 2 2 B 2 3 C 2 > library(reshape) 要求されたパッケージ plyr をロード中です > melt(abc3) Using Var1 as id variables Using Var1 as id variables Using Var1 as id variables Var1 variable value L1 1 A Freq 3 あ 2 B Freq 1 あ 3 A Freq 2 い 4 B Freq 2 い 5 C Freq 1 い 6 A Freq 2 う 7 B Freq 2 う 8 C Freq 2 う * 因子の組み合わせinteraction [#lc44f895] &htmlinsert(amazontext,asin=4431100474,text=P・スペクター著『Rデータ自由自在』シュプリンガー社); p.89 > x <- data.frame(Age = c(20,20,30,30,30), Sex =c("F","M","M", "F", "F"), Data = c(1,2,3,4,5)) > x Age Sex Data 1 20 F 1 2 20 M 2 3 30 M 3 4 30 F 4 5 30 F 5 > x$Combi <- interaction(x$Age, x$Sex ,drop = TRUE) > x Age Sex Data Combi 1 20 F 1 20.F 2 20 M 2 20.M 3 30 M 3 30.M 4 30 F 4 30.F 5 30 F 5 30.F 因子の組み合わせの中に，該当データがない場合は注意 * rgl パッケージを利用しようとしたらエラーが [#k17478c9] configure: error: missing required header GL/gl.h freeglut3, freeglut3-dev, libgl1-mesa-dev, libglu1-mesa-dev, mesa-common-dev,xlibmesa-gl-dev を追加する． * RでCairo [#mfcc8c26] 久しぶり Ubuntu で Lattice グラフを作成しようとしたら semi-transparency not supported on device のメッセージ．R-2.9.0 から Cairo 周りが強化されたためか．慌てて Cairo 関連のライブラリ libcairo2 など追加． sudo apt-get install libcairo2-dev sudo apt-get install libxt-dev R もコンパイルし直した． * Ubuntu 9.04 + ghostscript8.64 で eps に日本語 [#ibad67aa] Ghostscrip がバージョンアップするたびに，設定の調整が必要になる．．． ghostscript設定など、[[奥村さん:http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/stat/first.html]]のページが参考になった。 ほかに[[ここ>R_eps]]とここ[[R_font.size]] Ubuntu 9.04 gs-cjk-resource cmap-adobe-japan1 cmap-adobe-japan2 をインストールし、また cidfmap は作成しないで grDevices::X11.options (fonts = c("-vlgothic-gothic-medium-r-normal--*-*-*-*-*-*-jisx0201.1976-0", "-adobe-symbol-*-*-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*")) ps.options(family= "Japan1GothicBBB") # あるいは ps.options(family= "Japan1Ryumin") plot(1:10, 1:10, main ="テスト", cex = 1.2) dev.copy2eps(file = "~/Document/tmp/test.eps") で OK あるいは ps.options(family= "Japan1")# HeiseiKakuGo-W5 plot(1:10, 1:10, main ="テスト", cex = 1.2) dev.copy2eps(file = "~/Document/tmp/test.eps", family= "Japan1GothicBBB") * [[RExcel]] [#b46e41e7] * 順列 [#q577360a] &mimetex({13}_P_{3}); デフォルトでは関数がない prod(1:13) / prod(1:10) &htmlinsert(amazontext,asin=4431712186,text=U・リゲス著『Rの基礎とプログラミング技法』シュプリンガー社); では、まだ gamma() 関数を使って計算していたけど、factorial()関数が、確か R-1.9 ぐらいから実装されたので、prod(1:13)は factorial(13)でもいい。 * 組み合わせ [#b04cc79e] &mimetex({13}_C_{3}); prod(1:13) / (prod(1:3) * prod(1:10)) これは choose(13,3) がある． 一昔前のRでは、問題あって使えなかった関数だったと思うが、今は問題ないのかな。 * [[pnbinom]] [#b5e82cad] * [[Lattice_levelplot_points]] [#kcd008fe] * [[S4Class]] [#yd060ba6] * ESS [#v2acbd2d] Mac 版 ESS で R を起動したらローケルが C になっている． emacs.elに以下を追記したら，日本語で起動できた．しばらく Mac でESS を使っていなかったのだが，以前は，以下2行はなくとも日本語モードで起動したような気がするのだが． (set-locale-environment "utf-8") (setenv "LANG" "ja_JP.UTF-8") ついでに ESS 上では options(device = "quartz") と指定する．.Rprofile の設定も見直す． * [[R_eps]]フォント設定 [#uc9c5a76] * フォント設定 [#afc1751e] [[R_font.size]]も参照 X11.options(fonts=c("-ipamona-gothic-medium-r-normal--0-0-0-0-m-0-jisx0212.1", "-adobe-symbol-*-*-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*")) ps.options(family= "Japan1") #### X11.options(fonts=c("-misc-vl gothic-medium-r-normal--%d-*-*-*-*-*-jisx0201.1976-*", "-adobe-symbol-*-*-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*")) ps.options(family= "Japan1Ryumin") *[[R_Primitive]] [#g06ad483] *[[R_iconv]] [#kec274b2] *[[R_reshape]] [#f1822858] *[[Rで正規表現]] [#ob85428d] *[[R文字コード変換>hidden_R文字コード変換]] [#x231b799] *[[平方和の違い]] [#h2e02272] *[[R_order]] [#q2c86194] *[[R_Mixed-Effects_model]] [#d0e0a165] *[[readRegistry]] [#pe530a40] *[[sapplyの使い方>R_sapply]] [#h3c44726] *[[Rのスコープと環境R_scope_environment>R_scope_environment]] [#vf4054b2] *[[チルダ演算子 R_tilde>R_tilde]] [#afbfd7ef] *[[Rによる潜在意味インデキシング R_lsa>R_lsa]] [#s6dfa548] *[[R_cosine距離]] [#xdd25b11] *[[トレリス・グラフィックスパラメータの取得R_trellis.par.get>R_trellis.par.get]] [#uddf220c] *[[R_Lattice]] [#o31eb13f] *[[Power PC 版 Mac 用パッケージ R_PowerPC>R_PowerPC]] [#nbb13b14] *[[二度を超えるセーブバージョンの使用廃止予定です]] [#w50fafd8] *[[パッケージの作成 Rpackage_build>Rpackage_build]] [#y10ceeb5] * R-2.8.1のインストール [#v6e348eb] パッケージのインストールのたびに tcl のウィジェットが起動するのはうっとうしいので，次のようにコンパイルした． ./configure --without-tcltk *[[多重ロジットモデルの結果の解釈方法>R_multinom]] [#ace4713c] *[[サンプルを二つに分ける方法>R_sample]] [#ge4ebd70] //-[[水準の再構成 R_reFactor>R_reFactor]] * 作業中にパッケージを取り外すには [#h92fa333] detach(package:MASS) *[[正規分布とT分布の比較の話で>R_dnorm_dt]] [#fe09f7a3] *[[ローケルの確認>R_locale]] [#m5af2065] *[[R_GGobi]] [#qcde4898] * [[R_ファイル処理]] [#a365fddb] * [[Rで漢字を読み方順に並べる RdeKanjiSort>RdeKanjiSort]] [#m4692739] * [[R_rownamesとrow.names関数]] [#hbfc49ef] * [[R_source関数]] [#m0f3a98b] * [[eval()関数とparse()関数>R_文字を要素とするベクトルを結合する]] [#r5772974] * [[R_文字を要素とするベクトルを結合する]] [#e652b100] * パッケージを引用したい時 [#e65bc5b7] citation("hoge") * [[RjpWikiのRでグラフ理論:http://www.okada.jp.org/RWiki/?R%20%A4%C7%A5%B0%A5%E9%A5%D5%CD%FD%CF%C0]] [#of6de527] * [[横（列）に変数を取った横型データを縦型データフレームに変換>R_stack]] [#l3ecff99] * 効果を表す母数を識別するための制約 [#oc48ac4d] については：松田 紀之 著『質的情報の多変量解析』 の[[効果項の推定:http://www.sci.kagoshima-u.ac.jp/%7Eebsa/matsuda01/pdf/ch03-02.pdf]]や [[効果ベクトルβ, デザイン行列 X の構成:http://www.sci.kagoshima-u.ac.jp/%7Eebsa/matsuda01/pdf/chAB.pdf]]，あるいは[[ここの資料:http://www.e.u-tokyo.ac.jp/~kunitomo/Hsiao3J.pdf]]33ページをみるように． * [[R_winBUGS_structure]] [#t624b611] * [[資料:RでBayesの基礎 jags>R_Bayes_jags]] [#b1bc2df7] * [[資料:RでBayesの基礎 ポアソン回帰>Bayes_Poisson]] [#b55edb5b] * [[長さが100のベクトル生成]] [#l7fcf0dc] * [[xaxt_yaxt_パラメータと正規分布の図]] [#dd40a14c] * [[RCaBoCha_make]] の作成 [#je3a1b3b] * [[C++ソース内でベクトルの欠損値を見つけ出す方法>CPP_VECTOR_NA_FIND]] [#q0fefe7b] * 因子と水準 [#bc98e676] * [[水準の再構成>R_reFactor]] [#f00edf25] * [[R_カテゴリを融合する]] [#g0dc29e0] * [[R_データのカテゴリ化]] [#q0fd6091] * [[R_ファクターの削減]] [#p7d5c28d] * [[水準の順序化>hidden_R_ordered]] [#i93fc29f] * [[同じカテゴリには同じ色を使いたい>R_Tips0]] [#a645a358] * [[R_Alphabet]] [#f92ea306] * [[R_Tcl/TK]] [#a56a8d26] * [[R_Cut関数の使い方]] [#c2fffdfe] * [[C++のソース側で文書行列の作成まで行ってしまう>hidden_DocTermMatrix]] [#g579e551] * [[C++のソースからRにMatrixを返す>hidden_R_Matrix]] [#k81c979d] * [[R_CMD_check]] [#q90ccaec] * [[R-2.7.0 で日本語を含んだ文字をプロット]] [#l20cb4cf] * 関数の表示のさせ方．忘れてた． [#r1816b32] > methods(biplot) # で確認して > getS3method("biplot", "default") 任意のメソッドを表示 * [[R_列名が異なる二つのデータフレームを一つに統合]] [#g334ee6d] * [[バイプロット R_biplot]] [#t73a8cc9] * R_名前付きベクトルから名前を取る: as.vector() を使えば良い [#gb5e3ef3] * [[R_文書ターム行列作成]] [#obcc4160] * [[R_Cソースでデータフレームを生成>hidden_R_Cソースでデータフレームを生成]] [#k60a2256] * [[R_Cソースで文字ベクトルを生成]] [#xa3fc59a] * [[Rパッケージ作成>hidden_R_Packages]] [#q360c7ee] * [[順序制約のあるカテゴリカルデータの扱い>hidden_R_ordered]]については[[粕谷先生:http://kasuya.ecology1.org/stats/orderr1.html]]や[[三中先生:http://qdai.way-nifty.com/qjes/2008/01/index.html]]のサイトに説明がある [#j2206c33] * [[Rでベクトルの要素を別の集合の要素と比較する]] [#k5de403b] * Rで対応分析を実行する簡単な例 &ref{corresp.R}; [#gee16faa] * [[R_ftable関数の出力からラベルを取り出す]] [#u11e7553] //-[[同じカテゴリには同じ色を使いたい>R_Tips0]] * [[R_二値の集計]] [#t12c6ab3] //-[[R_ファクターの削減]] //-[[R_データのカテゴリ化]] * [[R_font.size]] [#x9477bf0] * [[R_ftableの属性]] [#rd51bd5a] //-[[R_カテゴリを融合する]] * [[R_列名で列を削除する]] [#o6412e6f] * [[Rでパッケージ作成>hidden_R_Packages]] [#p352a0a3] * [[Rでリスト処理]] [#d2f3a5f0] * [[小技>#lce6a8c4]] [#b683eb1c] *[[日本語形態素解析，和布蕪とのインターフェイス>hidden_RへCから名前付きベクトルを要素とするリストを返す]] [#x116e022] * [[RへCからリスト]] [#n39cac67] * [[RへCから文字列]] [#c373b13a] * [[Rと和布蕪>hidden_Rと和布蕪]] [#la00554f] * [[dim()関数が必要となる場面>R_dim]] [#s2f848e6] * [[RでBayes]] [#s4f712d8] * [[Rでstring_Kernel]] [#sa5eacbd] * [[R_lsaで日本語]] [#j8a36a4c] * [[R_tokenizer]] [#he1f4b71] * [[Rでコンコーダンサー>R_concordancer]] [#je433437] * sprintf関数 [#lab6a7ae] は，ループ内ではさらに cat しないと出力しない模様 *[[Rの正規表現]] [#nff8d94e] *[[R_tmパッケージの使い方]] [#u2c45e2a] *[[R_Plot_Marginの処理]] [#b75337fd] *[[R_Sweave]] [#t8d90bed] *[[R_対数線形モデル]] [#z5383be0] *[[R_片側検定]] [#a2ffd7cd] *[[R_複数のページに渡るグラフィックス]] [#j65fd819] *[[語彙の成長曲線を描く lnre() 関数>R_lnre]] [#f586ad08] *[[R_lines]] [#tab08277] *[[R_頻度区間調整]] [#pa0a9fad] *[[調整済みRが大きくとも残差からモデルが否定される例>R_Adj.r.squared]] [#k19de4a1] *[[R_回帰分析とbreakpoint]] [#lca805e9] *[[R_Designパッケージ]] [#j1674f47] *[[R_SupportVectorMachines]] [#acb3b6aa] *[[ベクトルのリサイクル R_VectorRecyle>R_VectorRecyle]] [#i4679a40] *[[R_ClassificationAndRegressionTrees]] [#jb175a27] *[[R_Divisive_Clustering_diana関数とnj関数]] [#ua8b662d] *[[R_Baayen]] [#dcb416b9] *[[R_prcomp_proportion]] [#o31653fe] *[[R_2変量正規分布]] [#t5bdc404] *[[R_コントラスト]] [#wcaeda46] *[[R_4次元配列]] [#t3b38c9a] *[[R_二元配置モデルでの summary.lm のパラメータの意味]] [#o9025afe] *[[hidden_R_ESS]] [#cf673e04] * [[Macでのコンパイルオプション>hidden_MacMake]] [#a581daea] * 小技 [#lce6a8c4] * 時間の取得 [#c11a49a6] substring(Sys.time(),0,10) * 列に NA があるかをチェック [#zd334f06] x <- c(1,3,NA,5,NA) any(is.na(x)) which(is.na(x)) x[which(is.na(x))] any(is.na(data$x)) data$x[which(is.na(data$x))] # それはどこ # こんな風に書いてみても良いかな ifelse(any(is.na( data$x )), which(is.na( data$x )), "not found") * 正規化された行列からの距離行列の作成 [#j38b4f4c] sqrt(2 * (1 - X %*% t(X) ) ) # 『Rで学ぶクラスタ解析』p.75より * anticonservative [#k1408e94] p-value が小さすぎと．．． Baayen p.248 * Rについての古いメモ [#jc2e7a4f] 不適切な記述がかなり残っていると思われる． -[[R_fromOldHtml3_2]] -[[R_fromOldHtml3]] -[[R_fromOldHtml2_2]] -[[R_fromOldHtml2]] -[[R_fromOldHtml1_2]] -[[R_fromOldHtml1]] -[[R_データの読み込み]] お気づきの点がありましたら[[管理者]]へご連絡下さい