片側検定の意味は分かっているとして,これを R では
alternative = c("two.side", "less","greater")
として指定するが例えば
t.test(x,y, alternative = "greater")
とした時,その意味は
x > y すなわち x- y > 0
を対立仮説とする意味である.
中沢港 『Rによる統計解析の基礎』 p.86
逆に
t.test(x, y, alternative = "less")
ならば
x < y すなわち x - y < 0
を対立仮説とする.