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Rcpp
をテンプレートにして作成
開始行:
[[Rの備忘録]]
[[dirk.eddelbuettel Rcpp:http://dirk.eddelbuettel.com/cod...
#contents
* 基本 [#hbf6ee84]
Rcppインターフェイスを使ったクラスライブラリを作成するコ...
Rから受け取った SEXP 型 a は，以下のように Rcpp::RObject...
Rcpp::NumericVector xa(a);
この xa はそのまま演算できる．
#highlighter(CPP,number){{
RcppExport SEXP convolve3cpp(SEXP a, SEXP b) {
Rcpp::NumericVector xa(a);
Rcpp::NumericVector xb(b);
int n_xa = xa.size(), n_xb = xb.size();
int nab = n_xa + n_xb - 1;
Rcpp::NumericVector xab(nab);
for (int i = 0; i < n_xa; i++)
for (int j = 0; j < n_xb; j++)
xab[i + j] += xa[i] * xb[j];
return xab;
}
}}
これをRに返す際には，明示的に型変換する必要がないので，つ...
Rcpp::RObjectクラスのオブジェクトであることを忘れないよう...
ちなみに，伝統的な R API で，Rinternals.h を使う場合は，...
#highlighter(CPP,number){{
SEXP convolve2(SEXP a, SEXP b)
{
R_len_t i, j, na, nb, nab;
double *xa, *xb, *xab;
SEXP ab;
// 型を指定して保護
PROTECT(a = coerceVector(a, REALSXP));
PROTECT(b = coerceVector(b, REALSXP));
na = length(a); nb = length(b); nab = na + nb - 1;
PROTECT(ab = allocVector(REALSXP, nab));
// C言語での演算のためポインタを取得
xa = REAL(a); xb = REAL(b);
xab = REAL(ab);
for(i = 0; i < nab; i++) xab[i] = 0.0;
for(i = 0; i < na; i++)
for(j = 0; j < nb; j++) xab[i + j] += xa[i] ...
UNPROTECT(3);
//SEXP型なのでそのまま返却できる
return(ab);
}
}}
Rdefines.h を使う場合も，演算処理のためにポインタをとる．
#highlighter(php,number){{
SEXP convolve2(SEXP a, SEXP b)
{
R_len_t i, j, na, nb, nab;
double *xa, *xb, *xab;
SEXP ab;
// 数値型として保護し
PROTECT(a = AS_NUMERIC(a));
PROTECT(b = AS_NUMERIC(b));
na = LENGTH(a); nb = LENGTH(b); nab = na + nb - 1;
PROTECT(ab = NEW_NUMERIC(nab));
// Cの演算のためにポインタを取り出す
xa = NUMERIC_POINTER(a); xb = NUMERIC_POINTER(b);
xab = NUMERIC_POINTER(ab);
// ポインタを通した計算
for(i = 0; i < nab; i++) xab[i] = 0.0;
for(i = 0; i < na; i++)
for(j = 0; j < nb; j++) xab[i + j] += xa[i]...
UNPROTECT(3);
// SEXP型なのでそのまま返却できる
return(ab);
}
}}
と明示的にPROTECTが必要になる．
* 引数を受ける [#a24d18a1]
こんな感じで利用するのが一番楽？
SEXP anyFunc ( SEXP arg1, SEXP arg2) {
int a1 = as<int> (arg1); int a2 = as<int> (arg2);
...
}
推奨は
Rcpp::List rparam(params);
std::string str = Rcpp::as<std::string>(rparam["moji"...
double num1 = Rcpp::as<double>(rparam["num1"]);
int int1 = Rcpp::as<int>(rparam["num2"]);
params <- list (moji ='hogehoge', num1= 3.14, num2 =10)
func <- function ( parL ) {
.Call("RcppParams", params = parL )}
x <- func (params)
でちとメンドイ
古い Rcpp (RcppClassic) では
RcppParams par(params);
double num1 = par.getDoubleValue("num1");
int int1 = par.getIntValue("num2");
string str = par.getStringValue("txt");
bool yn = par.getBoolValue("yesno");
* DataFrame 作成 [#x092ad8e]
#include "Rcpp.h"
RcppExport SEXP testDF (){
Rcpp::IntegerVector v = Rcpp::IntegerVector::create(1,2...
std::vector<std::string> str(3);
str[0] = "A"; str[1] = "B"; str[2] = "C";
return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("Var1", v...
Rcpp::Named ("Var2", s),
Rcpp::Named("stringsAsFactors", false )...
// あるいは
return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("VAR1") ...
Rcpp::Named ("VAR2") = s,
Rcpp::Named("stringsAsFactors") = false...
}
* NumericVector [#r8c3eeb8]
- 旧来の場合
// 旧来の場合
SEXP mySum( SEXP x){
// 戻り値を用意
SEXP ans;
int i, nx;
// SEXPは直接操作できないので，C固有のポインタを用意
double *rx = REAL(x), *rans;
nx = length(x);
// ans を初期化．R側で解放されないようプロテクト
PROTECT(ans = allocVector(REALSXP, 1));
// ans の操作は，そのポインタを保持するCのポインタを使う
rans = REAL(ans);
for(i = 0; i < nx; i++) {
// Cのポインタを操作することで，ans を操作する
rans[0] += rx[i];
}
UNPROTECT(1);//プロテクトを外す
return(ans);
}
# R CMD SHLIB mySum.cpp
> dyn.load ("mySum.so")
> x <- .Call("mySum", c(1.1, 1.2, 1.3, ))
-- inline を使う場合
mySum <- cxxfunction (signature(x = "numeric") , '
int i, nx;
double *rx = REAL(x), *rans;
SEXP ans;
nx = length(x);
PROTECT(ans = allocVector(REALSXP, 1));
rans = REAL(ans);
for(i = 0; i < nx; i++) {
rans[0] += rx[i];
}
UNPROTECT(1);
return(ans);
'
)
x <- mySum (c(1.1, 1.2, 1.3))
x
- Rcppオリジナルのインターフェイスを使う場合
SEXP sum( SEXP x_ ){
Rcpp::NumericVector x(x_) ;
double res = 0.0 ;
for( int i=0; i<x.size(), i++){
res += x[i] ;
}
return Rcpp::wrap( res ) ;
}
- Rcpp sugar を使う
SEXP sum( SEXP x_ ){
NumericVector x(x_) ;
double res = sum( x ) ;
return wrap( res ) ;
}
* CharacterVector [#pa7dd8c1]
[[ここ:http://stackoverflow.com/questions/4106174/where-c...
- 旧来のインターフェイスを使う場合
SEXP foobar(){
SEXP ab;
PROTECT(ab = allocVector(STRSXP, 2));
SET_STRING_ELT( ab, 0, mkChar("foo") );
SET_STRING_ELT( ab, 1, mkChar("bar") );
UNPROTECT(1);
}
- Rcppを使う．その１
RcppExport SEXP foobar(){
return Rcpp::CharacterVector::create( "foo", "bar" ) ;
}
- Rcppを使う．その２
RcppExport SEXP foobar(){
Rcpp::CharacterVector res(2) ;
res[0] = "foo" ;
res[1] = "bar" ;
return res ;
}
- 以下でちょっと詰まった
RcppExport SEXP testChar (SEXP a, SEXP b){
Rcpp::CharacterVector xa (a);
Rcpp::CharacterVector xb (b);
続けて以下のようにしようとしたがコンパイラを通らない
std::string sxa = xa[0];
以下のようにしないと行けない
std::string sxa;
sxa = xa[0];
std::string sxb;
sxb = xb[0];
* rcpp のサンプル [#xada24e9]
Windows 7(64bit) 上の R-2.12.0 環境で，Rcpp_sample.cpp を...
PKG_CXXFLAGS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()")
PKG_LIBS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()")
してコマンドプロンプトから素直に
R CMD SHLIB Rcpp_sample.cpp
http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-path...
g++ -shared -s -static-libgcc -o Rcpp_sample.dll tmp.def
Rcpp_sample.cpp C:/Users/ishida/Documents/R/win-librar...
-LC:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/bin/i386 -lR
とすると i386 が呼ばれる.確かに
Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()
C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/i3...
となっている．が，こっちを呼んで欲しい
Rscript --arch x64 -e "Rcpp:::LdFlags()
C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x6...
やむなく
PKG_LIBS = C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/...
あるいは
PKG_LIBS = -LC:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.1...
と修正し
R --arch x64 CMD SHLIB Rcpp_sample.cpp
と実行.
dyn.load("Rcpp_sample.dll")
終了行:
[[Rの備忘録]]
[[dirk.eddelbuettel Rcpp:http://dirk.eddelbuettel.com/cod...
#contents
* 基本 [#hbf6ee84]
Rcppインターフェイスを使ったクラスライブラリを作成するコ...
Rから受け取った SEXP 型 a は，以下のように Rcpp::RObject...
Rcpp::NumericVector xa(a);
この xa はそのまま演算できる．
#highlighter(CPP,number){{
RcppExport SEXP convolve3cpp(SEXP a, SEXP b) {
Rcpp::NumericVector xa(a);
Rcpp::NumericVector xb(b);
int n_xa = xa.size(), n_xb = xb.size();
int nab = n_xa + n_xb - 1;
Rcpp::NumericVector xab(nab);
for (int i = 0; i < n_xa; i++)
for (int j = 0; j < n_xb; j++)
xab[i + j] += xa[i] * xb[j];
return xab;
}
}}
これをRに返す際には，明示的に型変換する必要がないので，つ...
Rcpp::RObjectクラスのオブジェクトであることを忘れないよう...
ちなみに，伝統的な R API で，Rinternals.h を使う場合は，...
#highlighter(CPP,number){{
SEXP convolve2(SEXP a, SEXP b)
{
R_len_t i, j, na, nb, nab;
double *xa, *xb, *xab;
SEXP ab;
// 型を指定して保護
PROTECT(a = coerceVector(a, REALSXP));
PROTECT(b = coerceVector(b, REALSXP));
na = length(a); nb = length(b); nab = na + nb - 1;
PROTECT(ab = allocVector(REALSXP, nab));
// C言語での演算のためポインタを取得
xa = REAL(a); xb = REAL(b);
xab = REAL(ab);
for(i = 0; i < nab; i++) xab[i] = 0.0;
for(i = 0; i < na; i++)
for(j = 0; j < nb; j++) xab[i + j] += xa[i] ...
UNPROTECT(3);
//SEXP型なのでそのまま返却できる
return(ab);
}
}}
Rdefines.h を使う場合も，演算処理のためにポインタをとる．
#highlighter(php,number){{
SEXP convolve2(SEXP a, SEXP b)
{
R_len_t i, j, na, nb, nab;
double *xa, *xb, *xab;
SEXP ab;
// 数値型として保護し
PROTECT(a = AS_NUMERIC(a));
PROTECT(b = AS_NUMERIC(b));
na = LENGTH(a); nb = LENGTH(b); nab = na + nb - 1;
PROTECT(ab = NEW_NUMERIC(nab));
// Cの演算のためにポインタを取り出す
xa = NUMERIC_POINTER(a); xb = NUMERIC_POINTER(b);
xab = NUMERIC_POINTER(ab);
// ポインタを通した計算
for(i = 0; i < nab; i++) xab[i] = 0.0;
for(i = 0; i < na; i++)
for(j = 0; j < nb; j++) xab[i + j] += xa[i]...
UNPROTECT(3);
// SEXP型なのでそのまま返却できる
return(ab);
}
}}
と明示的にPROTECTが必要になる．
* 引数を受ける [#a24d18a1]
こんな感じで利用するのが一番楽？
SEXP anyFunc ( SEXP arg1, SEXP arg2) {
int a1 = as<int> (arg1); int a2 = as<int> (arg2);
...
}
推奨は
Rcpp::List rparam(params);
std::string str = Rcpp::as<std::string>(rparam["moji"...
double num1 = Rcpp::as<double>(rparam["num1"]);
int int1 = Rcpp::as<int>(rparam["num2"]);
params <- list (moji ='hogehoge', num1= 3.14, num2 =10)
func <- function ( parL ) {
.Call("RcppParams", params = parL )}
x <- func (params)
でちとメンドイ
古い Rcpp (RcppClassic) では
RcppParams par(params);
double num1 = par.getDoubleValue("num1");
int int1 = par.getIntValue("num2");
string str = par.getStringValue("txt");
bool yn = par.getBoolValue("yesno");
* DataFrame 作成 [#x092ad8e]
#include "Rcpp.h"
RcppExport SEXP testDF (){
Rcpp::IntegerVector v = Rcpp::IntegerVector::create(1,2...
std::vector<std::string> str(3);
str[0] = "A"; str[1] = "B"; str[2] = "C";
return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("Var1", v...
Rcpp::Named ("Var2", s),
Rcpp::Named("stringsAsFactors", false )...
// あるいは
return Rcpp::DataFrame::create(Rcpp::Named("VAR1") ...
Rcpp::Named ("VAR2") = s,
Rcpp::Named("stringsAsFactors") = false...
}
* NumericVector [#r8c3eeb8]
- 旧来の場合
// 旧来の場合
SEXP mySum( SEXP x){
// 戻り値を用意
SEXP ans;
int i, nx;
// SEXPは直接操作できないので，C固有のポインタを用意
double *rx = REAL(x), *rans;
nx = length(x);
// ans を初期化．R側で解放されないようプロテクト
PROTECT(ans = allocVector(REALSXP, 1));
// ans の操作は，そのポインタを保持するCのポインタを使う
rans = REAL(ans);
for(i = 0; i < nx; i++) {
// Cのポインタを操作することで，ans を操作する
rans[0] += rx[i];
}
UNPROTECT(1);//プロテクトを外す
return(ans);
}
# R CMD SHLIB mySum.cpp
> dyn.load ("mySum.so")
> x <- .Call("mySum", c(1.1, 1.2, 1.3, ))
-- inline を使う場合
mySum <- cxxfunction (signature(x = "numeric") , '
int i, nx;
double *rx = REAL(x), *rans;
SEXP ans;
nx = length(x);
PROTECT(ans = allocVector(REALSXP, 1));
rans = REAL(ans);
for(i = 0; i < nx; i++) {
rans[0] += rx[i];
}
UNPROTECT(1);
return(ans);
'
)
x <- mySum (c(1.1, 1.2, 1.3))
x
- Rcppオリジナルのインターフェイスを使う場合
SEXP sum( SEXP x_ ){
Rcpp::NumericVector x(x_) ;
double res = 0.0 ;
for( int i=0; i<x.size(), i++){
res += x[i] ;
}
return Rcpp::wrap( res ) ;
}
- Rcpp sugar を使う
SEXP sum( SEXP x_ ){
NumericVector x(x_) ;
double res = sum( x ) ;
return wrap( res ) ;
}
* CharacterVector [#pa7dd8c1]
[[ここ:http://stackoverflow.com/questions/4106174/where-c...
- 旧来のインターフェイスを使う場合
SEXP foobar(){
SEXP ab;
PROTECT(ab = allocVector(STRSXP, 2));
SET_STRING_ELT( ab, 0, mkChar("foo") );
SET_STRING_ELT( ab, 1, mkChar("bar") );
UNPROTECT(1);
}
- Rcppを使う．その１
RcppExport SEXP foobar(){
return Rcpp::CharacterVector::create( "foo", "bar" ) ;
}
- Rcppを使う．その２
RcppExport SEXP foobar(){
Rcpp::CharacterVector res(2) ;
res[0] = "foo" ;
res[1] = "bar" ;
return res ;
}
- 以下でちょっと詰まった
RcppExport SEXP testChar (SEXP a, SEXP b){
Rcpp::CharacterVector xa (a);
Rcpp::CharacterVector xb (b);
続けて以下のようにしようとしたがコンパイラを通らない
std::string sxa = xa[0];
以下のようにしないと行けない
std::string sxa;
sxa = xa[0];
std::string sxb;
sxb = xb[0];
* rcpp のサンプル [#xada24e9]
Windows 7(64bit) 上の R-2.12.0 環境で，Rcpp_sample.cpp を...
PKG_CXXFLAGS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::CxxFlags()")
PKG_LIBS=$(shell Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()")
してコマンドプロンプトから素直に
R CMD SHLIB Rcpp_sample.cpp
http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-path...
g++ -shared -s -static-libgcc -o Rcpp_sample.dll tmp.def
Rcpp_sample.cpp C:/Users/ishida/Documents/R/win-librar...
-LC:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/bin/i386 -lR
とすると i386 が呼ばれる.確かに
Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()
C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/i3...
となっている．が，こっちを呼んで欲しい
Rscript --arch x64 -e "Rcpp:::LdFlags()
C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/Rcpp/lib/x6...
やむなく
PKG_LIBS = C:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.12/...
あるいは
PKG_LIBS = -LC:/Users/ishida/Documents/R/win-library/2.1...
と修正し
R --arch x64 CMD SHLIB Rcpp_sample.cpp
と実行.
dyn.load("Rcpp_sample.dll")
ページ名:
