日録2009年10月 の変更点 - RとLinuxと...

RとLinuxと...


日録2009年10月 の変更点


[[過去の日録]]


//#htmlinsert(amazonads)
// &htmlinsert(amazontext,asin=,text=); 

#ref(R_Lattice/lattice113.png)
[[Lattice Multivariate Data Visualization with R:http://www.springer.com/statistics/computational/book/978-0-387-75968-5]]


//http://iphone.trafficgate.net/site_tour3.html
// http://iphone.trafficgate.net/wiki/


* 2009 年 10 月 31 日 (金曜) [#r5ff019f]
* 2009 年 10 月 31 日 (土曜) [#r5ff019f]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- 米国 Apple から、PushNotification を利用可能にしたというメールが届く。2か月前に文句を送っていて、さんざんあれこれメールのやり取りをした挙句、ようやく。
- 午後
-- さっそく Notification を実装したアプリを試作してみる。Pushを送るにはサーバーを用意するのだが、実験なので、とりあえずローカルマシンに簡単な PHP コードを用意して送信してみる。
--- なるほど、これは便利。
-- 歯医者。昨日詰めてもらったセメントが取れてしまった。

* 2009 年 10 月 30 日 (金曜) [#tae6b235]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- 雑用に追われる
- 午後
-- 歯医者

* 2009 年 10 月 29 日 (木曜) [#b200e882]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- 昨日,Snow Leopard 用 [[RMeCab]] のコンパイルをいろいろ試行したのだが,今日,ふっとみたらfinder のアプリケーションに R とは別に,R64 というアイコンを発見.64bitは別に用意されていたのだった.Mac 用 [[RMeCab]] を再作成.
- 午後
-- 裁量経費発表会,会議

* 2009 年 10 月 28 日 (水曜) [#d7d84f7d]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- 08:35 - 10:10 演習
-- R-2.10.0 をとりあえずコンパイルし,[[RMeCab]] を作ってみる.
-- いつも思っていたのだが,Windows 版バイナリは XP と Vista のどっちでコンパイルすべきなのか.
- 午後
-- 12:50-16:05 授業
-- 64bit native snow で MeCab を 32 bit 対応でコンパイルせねばならない.
 CFLAGS="-arch i386" ARCHFLAGS="-arch i386" CCFLAGS="-arch i386"  
   CXXFLAGS="-arch i386"
     LDDLFLAGS="-arch i386 -bundle -undefined dynamic_lookup -L/usr/local/lib"
     LDFLAGS="-arch i386" ./configure

とかしていたが,[[ここ:http://www.sabaneko.jp/wp/?cat=17]]の情報を参考に試行してみる.
>
今日一日かかってなんとかSnow Leopardで自然言語処理の環境をそろえたので備忘録。
まず、Snow LeopardのXcodeで入るgccはgcc-4.20,g++-4.20です。こいつを使ってmakeすると、基本的にx86_64なバイナリができます。で、同時にVer 4.0も入っていて、これは32bit onlyです。そんでもって、gccやg++として、4.20が使われます。これはちょっと困るのですが、とにかく32bitのバイナリを作りたいので、ちょっと強引にシンボリックリンクの貼り直しをします。
    $ sudo rm /usr/bin/gcc
    $ sudo rm /usr/bin/g++
    $ sudo ln -s /usr/local/gcc-4.0 /usr/local/gcc
    $ sudo ln -s /usr/local/g++-4.0 /usr/local/g++ 
これで、MeCabなんかは普通にコンパイルすれば32bitで入ります。
次にText::MeCab、必要ないかもしれませんが、perl Makefile.PLで作ったMakefileを修正。以下がサンプル。(数字は行数)
6 CC = gcc
43 LD = gcc -mmacosx-version-min=10.6
44 LDDLFLAGS = -arch i386 -bundle -undefined dynamic_lookup -L/usr/local/lib
45 LDFLAGS = -arch i386 -L/usr/local/lib
要は、36、43行目のgcc-4.20をgccに、44、45行目に -arch x86_64があるのを消去です。これで後は普通にコンパイルすればOK。
あとはperlを32bitで動作させれば完璧ですが、archコマンド(初めて知った)を使えばいいみたいなので、以下のエイリアスを.bashrcにでも書いておけばいいでしょう。
alias perl=’arch -i386 /usr/bin/perl5.10.0′
<
//http://blog.chibiegg.net/2009/04/03_21_263.htm
//http://mlog.euqset.org/archives/debian-users/47640.html
//http://sites.google.com/site/casualconcj/yutiriti-puroguramu/mecab-ruby-wo-insutoru-suru

* 2009 年 10 月 27 日 (火曜) [#d7d84f7d]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- R-2.10.0 がリリースされたらしい.[[RMeCab]] をアップデートする必要があるが,週末にしておこう.
-- [[Bayesian Computation with R:http://www.springer.com/statistics/statistical+theory+and+methods/book/978-0-387-92297-3]]の訳出を続ける.
- 午後.総合科学部の生協に足のばしてパン類を買って済ます
-- [[Bayesian Computation with R:http://www.springer.com/statistics/statistical+theory+and+methods/book/978-0-387-92297-3]]の訳出を続ける.

* 2009 年 10 月 26 日 (月曜) [#zf853530]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- [[Bayesian Computation with R:http://www.springer.com/statistics/statistical+theory+and+methods/book/978-0-387-92297-3]]の訳出を続ける.
- 午後,工学部.
// また勘定を間違えられる.


* 2009 年 10 月 25 日 (日曜) [#g7dc2d0a]

- 午前 tzdata アップデート
 Current default timezone: 'Asia/Tokyo'
 Local time is now:      Sun Oct 25 09:41:01 JST 2009.
 Universal Time is now:  Sun Oct 25 00:41:01 UTC 2009.
 Run 'dpkg-reconfigure tzdata' if you wish to change it.

* 2009 年 10 月 24 日 (土曜) [#v4f27cfb]
-- 05:30 起床
-- 07:00 研究室着
- 午前
-- [[Bayesian Computation with R:http://www.springer.com/statistics/statistical+theory+and+methods/book/978-0-387-92297-3]]の訳出を続ける.
- 午後
-- 閉じた式 (closed-form expression) の簡潔な説明がほしい.自分dねかくのは面倒と思っていたら,[[ここ:http://d.hatena.ne.jp/igaris/20090718/1247889699]] など非常によろしい.

* 2009 年 10 月 23 日 (金曜) [#hbee8cf3]
-- 05:30 起床
-- 07:00 研究室着
- 午前
-- [[Bayesian Computation with R:http://www.springer.com/statistics/statistical+theory+and+methods/book/978-0-387-92297-3]]の訳出を続ける.
- 午後
-- 心理学,国語学の先生方とテキストマイニング打ち合わせ


* 2009 年 10 月 22 日 (木曜) [#e11fcf78]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- [[Bayesian Computation with R:http://www.springer.com/statistics/statistical+theory+and+methods/book/978-0-387-92297-3]]の訳出を続ける.
- 午後.
-- 会議
-- 充電

* 2009 年 10 月 21 日 (水曜) [#f01d8712]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- 08:35-10:00 演習.朝一の授業をうっかり忘れていて,10分遅れて出講.
-午後
-- 14:35-16:00 講義
-- Moodle サーバーの調整

* 2009 年 10 月 20 日 (火曜) [#g9ec8a82]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- 大学の仕事でつぶれる
- 午後.外へ食事
// 600円豚ショウガ焼き
- 14:30-16:05 演習

* 2009 年 10 月 19 日 (月曜) [#n5035c07]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- S社から送られてきたドイツ語IT本を読む
-- D 大 J 先生から科研のご連絡
-- [[Bayesian Computation with R:http://www.springer.com/statistics/statistical+theory+and+methods/book/978-0-387-92297-3]]の訳出を続ける.
-- 上記の初版では,ベータ分布の超母数を推定するのに,try and error (p.23)とあって,当時,読んでいて,「これで読者は納得するだろうか」と思ったものだが,今回訳出している第2版では,beta.select() という関数が実装されており,これを使って推定するという記述に変わっている.
--- beta.select()関数の出力がテキストと一致しない.丸めの問題なんだろうけど.
--- う〜ん,テキスト掲載の数値に間違いが多い.これを恐れていた.
- 午後
-- 久保先生が訳出された &htmlinsert(amazontext,asin=4320019059,text=Rグラフィクス); を献本頂いた.ひもといてみると,訳文が「です,ます」調で,とても分かりやすい.

* 2009 年 10 月 18 日 (日曜) [#d9e3f459]
-- 特になし

* 2009 年 10 月 17 日 (土曜) [#qa1b64ce]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- S社から送られてきたドイツ語IT本を読む
-- [[Bayesian Computation with R:http://www.springer.com/statistics/statistical+theory+and+methods/book/978-0-387-92297-3]]の訳出を続ける.

* 2009 年 10 月 16 日 (金曜) [#od90a3d5]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- S社から送られてきたドイツ語IT本を読む
-- [[Bayesian Computation with R:http://www.springer.com/statistics/statistical+theory+and+methods/book/978-0-387-92297-3]]を続ける.
- 午後.来客と食事
// 600円 * 2
--[[Lattice Multivariate Data Visualization with R:http://www.springer.com/statistics/computational/book/978-0-387-75968-5]] の原著者 Sarkar の発音だが,ショーカーが,母国語に一番近いらしい.

* 2009 年 10 月 15 日 (木曜) [#rf5be032]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- Xcode 再確認
-- S社から送られてきたドイツ語IT本を読む
- 午後
//参照弁当をseikyouで買う.380円なり
-- 14:35-19:30 もろもろの会議

* 2009 年 10 月 14 日 (水曜) [#qcc8482e]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- 朝一でプログラミング授業
-- S社から送られてきたドイツ語IT本を読む
- 午後。工学部にて
//スペシャル400円。鳥の梅紫蘇つつみフライ。キャベツ、ご飯、味噌汁
-- 14:35-16:05 講義
-- 久しぶり Ubuntu で Lattice グラフを作成しようとしたら

 semi-transparency not supported on device 

のメッセージ.R-2.9.0 から Cairo 周りが強化されたためか.慌てて Cairo 関連のライブラリを追加.

* 2009 年 10 月 12 日 (火曜) [#y19c7f9f]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- [[PHPでのXMLパーサ>PHP_XML]]を設定
-午後。工学部にて
//ランチ350円。鳥のフリッターと炊き込みご飯、味噌汁だったか?

* 2009 年 10 月 12 日 (月曜) [#nb243c0a]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- &htmlinsert(amazontext,asin=4254126980,text=ベイズ統計データ分析);  を引っ張り出して,眺めはじめる.これと&htmlinsert(amazontext,asin=4254295405,text=入門ベイズ統計学); は,分かりやすく書かれていると思うけど,そのための事例が前者はゴルフ,後者は金融工学,事例が特殊すぎて(少なくとも私はゴルフに興味はない),そこで興味を失う読者もいるのではないだろうか.もっとも,わかりやすさでは,&htmlinsert(amazontext,asin=4320056787,text=生態学のためのベイズ法); が一番. 実用的という意味では, &htmlinsert(amazontext,asin=4254126972,text=マルコフ連鎖モンテカルロ法); が一番か.
-- &htmlinsert(amazontext,asin=4254126980,text=ベイズ統計データ分析);  のデータをダウンロードしてみた.解凍したらフォルダ名やらファイル名が,全角日本語である.今時,文句を言って悪いのだが,個人的には半角アルファベットだと有り難かった.
--- 本文誤植,コードミス,記述ミスが異様に多いなぁ...
--- p.14-15. で一様分布に言及しているが,式や計算コードはまったく無いにもかかわらず,p.26 では「すでに計算過程をみたように」とある.原稿が欠けたのだろうか?
-- 疲れたので,やめた.そろそろ仕事にかかろう.
- 午後
//お菓子とカップめん
-- では[[Bayesian Computation with R:http://www.springer.com/statistics/statistical+theory+and+methods/book/978-0-387-92297-3]]にとりかかることにする.[[現著者サポートサイトはここ:http://bayes.bgsu.edu/bcwr/]].
-- メインソース眺めたら

 \usepackage{Sweave}

とある.include されたファイルを眺めると,コード部分は確かに

 \begin{Schunk}
 \begin{Sinput}
   > ps = sample(p, replace = TRUE, prob = post)
 \end{Sinput}
 \end{Schunk}

となっている.
しかし,原稿TeXソース自体は [[Lattice Multivariate Data Visualization with R:http://www.springer.com/statistics/computational/book/978-0-387-75968-5]] や [[R Through Excel:http://www.springer.com/statistics/computational/book/978-1-4419-0051-7]] と比べるとシンプル.
-- 充電

* 2009 年 10 月 11 日 (日曜) [#ye4b6346]
- 特記無し

* 2009 年 10 月 10 日 (土曜) [#dded8ac0]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- あれこれたまっていた本を眺める

* 2009 年 10 月 9 日 (金曜) [#c9f000db]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- Mac Leopard で R をソースからインストールしてみた.
問題なくコンパイルでき,コマンドラインで使えるようになったのだが R CMD SHLIB の挙動がおかしい.
- 午後.来客と食事
-- ぼけていた。パッケージのコンパイルは
 R CMD build --binary packageName
であって
 R CMD SHLIB build --binary packageName
や
 R CMD -build --binary packageName
ではない.

* 2009 年 10 月 8 日 (木曜) [#w6d029bf]
-- 06:00 起床
--- 台風はたいしたことなかった
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- [[R Through Excel:http://www.springer.com/statistics/computational/book/978-1-4419-0051-7]] の見直しを終える.
-午後
-- 情報処理の基礎II

* 2009 年 10 月 7 日 (水曜) [#h1e2ac49]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- 朝一でプログラミング授業.
-- iPod Touch の音が鳴らなくなった.初期化する.
--- すると iTunes で iPodTouch の項目がすべてグレーになり,操作できない.iTunes 上で「手動で管理」を選ばないといけないらしい.
-- [[R Through Excel:http://www.springer.com/statistics/computational/book/978-1-4419-0051-7]] の見直し作業
-午後
-- [[R Through Excel:http://www.springer.com/statistics/computational/book/978-1-4419-0051-7]] の見直し作業
-- 17:00 歯医者
* 2009 年 10 月 6 日 (火曜) 雨 [#i6b9e95f]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- [[R Through Excel:http://www.springer.com/statistics/computational/book/978-1-4419-0051-7]] の見直し作業
-午後.工学部脇のベルマン.いかにも学生飯.
// 540 円
-- 情報処理の基礎1
-- iPhone 関連
-- 台風が8日にも上陸というので、休講の条件を調べる。大学のサイトをいくら調べても分らんので、ググると、徳島大学休校規定が出てきた。
---警報発令時の対応

 暴風警報と大雨警報
 暴風警報と洪水警報
 大雪警報

---のいずれかが徳島県北部に発令されたとき,休講となります.

 午前7時の時点で発令午前中は休講 
 午前11時の時点でも発令中午後も休講
 授業開始後に発令されたとき,次の時限から休講

* 2009 年 10 月 5 日 (月曜) 曇 [#h73ea337]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- [[R Through Excel:http://www.springer.com/statistics/computational/book/978-1-4419-0051-7]] の見直し作業
- 午後
-- 古い core3duo マシンに 64 bit Ubuntu 9.04 をインストールし,開発環境整備. で R と MeCab をいれて,[[RMeCab]] 64 bit 版を作成する.

* 2009 年 10 月 4 日 (日曜) 晴 [#r351ec55]
- 午後.大学に出向く
-- [[R Through Excel:http://www.springer.com/statistics/computational/book/978-1-4419-0051-7]] の見直し作業
* 2009 年 10 月 3 日 (土曜) 晴 [#ae898916]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- [[R Through Excel:http://www.springer.com/statistics/computational/book/978-1-4419-0051-7]] の見直し作業
- 午後
-- 16:00 歯医者.待ち時間を含めて1時間半かかった.
-- 瀬戸内Linux 会をのぞく

* 2009 年 10 月 2 日 (金曜) 雨 [#re49f969]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
-- じめじめしてかなわん.
- 午前
-- DELL のデスクトップマシンが,起動しなくなった.電源を入れた直後の DELL メーカーロゴで止まり,F2 などを押しても,BIOS 設定画面にも移行してくれない.何度やっても甲斐なし.CMOS クリアで何とかなるだろうか?と思いつつ,とりあえず,いったんコンセントを抜いて,しばらく待った後,もう一度電源いれると起動した.
- 午後
-- [[R Through Excel:http://www.springer.com/statistics/computational/book/978-1-4419-0051-7]] の見直し作業.
-- S 社よりドイツ語の本が送られてきた.


* 2009 年 10 月 1 日 (木曜) 晴 [#v467c11b]
-- 06:00 起床
-- 07:30 研究室着
- 午前
-- [[R Through Excel:http://www.springer.com/statistics/computational/book/978-1-4419-0051-7]] を進める.
- 午後
-- 後期最初の授業.『情報処理の基礎』