日録2009年10月 - RとLinuxと...

RとLinuxと...


日録2009年10月

過去の日録

lattice113.png

Lattice Multivariate Data Visualization with R

_ 2009 年 10 月 31 日 (土曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 米国 Apple から、PushNotification? を利用可能にしたというメールが届く。2か月前に文句を送っていて、さんざんあれこれメールのやり取りをした挙句、ようやく。
  • 午後
    •  さっそく Notification を実装したアプリを試作してみる。Pushを送るにはサーバーを用意するのだが、実験なので、とりあえずローカルマシンに簡単な PHP コードを用意して送信してみる。
      •  なるほど、これは便利。
    •  歯医者。昨日詰めてもらったセメントが取れてしまった。

_ 2009 年 10 月 30 日 (金曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 雑用に追われる
  • 午後
    • 歯医者

_ 2009 年 10 月 29 日 (木曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 昨日,Snow Leopard 用 RMeCab のコンパイルをいろいろ試行したのだが,今日,ふっとみたらfinder のアプリケーションに R とは別に,R64 というアイコンを発見.64bitは別に用意されていたのだった.Mac 用 RMeCab を再作成.
  • 午後
    • 裁量経費発表会,会議

_ 2009 年 10 月 28 日 (水曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 08:35 - 10:10 演習
    • R-2.10.0 をとりあえずコンパイルし,RMeCab を作ってみる.
    • いつも思っていたのだが,Windows 版バイナリは XP と Vista のどっちでコンパイルすべきなのか.
  • 午後
    • 12:50-16:05 授業
    • 64bit native snow で MeCab? を 32 bit 対応でコンパイルせねばならない.
      CFLAGS="-arch i386" ARCHFLAGS="-arch i386" CCFLAGS="-arch i386"  
        CXXFLAGS="-arch i386"
          LDDLFLAGS="-arch i386 -bundle -undefined dynamic_lookup -L/usr/local/lib"
          LDFLAGS="-arch i386" ./configure

とかしていたが,ここの情報を参考に試行してみる.

今日一日かかってなんとかSnow Leopardで自然言語処理の環境をそろえたので備忘録。 まず、Snow LeopardのXcodeで入るgccはgcc-4.20,g++-4.20です。こいつを使ってmakeすると、基本的にx86_64なバイナリができます。で、同時にVer 4.0も入っていて、これは32bit onlyです。そんでもって、gccやg++として、4.20が使われます。これはちょっと困るのですが、とにかく32bitのバイナリを作りたいので、ちょっと強引にシンボリックリンクの貼り直しをします。

   $ sudo rm /usr/bin/gcc
   $ sudo rm /usr/bin/g++
   $ sudo ln -s /usr/local/gcc-4.0 /usr/local/gcc
   $ sudo ln -s /usr/local/g++-4.0 /usr/local/g++ 

これで、MeCab?なんかは普通にコンパイルすれば32bitで入ります。 次にText::MeCab?、必要ないかもしれませんが、perl Makefile.PLで作ったMakefileを修正。以下がサンプル。(数字は行数) 6 CC = gcc 43 LD = gcc -mmacosx-version-min=10.6 44 LDDLFLAGS = -arch i386 -bundle -undefined dynamic_lookup -L/usr/local/lib 45 LDFLAGS = -arch i386 -L/usr/local/lib 要は、36、43行目のgcc-4.20をgccに、44、45行目に -arch x86_64があるのを消去です。これで後は普通にコンパイルすればOK。 あとはperlを32bitで動作させれば完璧ですが、archコマンド(初めて知った)を使えばいいみたいなので、以下のエイリアスを.bashrcにでも書いておけばいいでしょう。 alias perl=’arch -i386 /usr/bin/perl5.10.0′

_ 2009 年 10 月 27 日 (火曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • R-2.10.0 がリリースされたらしい.RMeCab をアップデートする必要があるが,週末にしておこう.
    • Bayesian Computation with Rの訳出を続ける.
  • 午後.総合科学部の生協に足のばしてパン類を買って済ます

_ 2009 年 10 月 26 日 (月曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着

_ 2009 年 10 月 25 日 (日曜)

  • 午前 tzdata アップデート
    Current default timezone: 'Asia/Tokyo'
    Local time is now:      Sun Oct 25 09:41:01 JST 2009.
    Universal Time is now:  Sun Oct 25 00:41:01 UTC 2009.
    Run 'dpkg-reconfigure tzdata' if you wish to change it.

_ 2009 年 10 月 24 日 (土曜)

  • 05:30 起床
  • 07:00 研究室着
  • 午前
  • 午後
    • 閉じた式 (closed-form expression) の簡潔な説明がほしい.自分dねかくのは面倒と思っていたら,ここ など非常によろしい.

_ 2009 年 10 月 23 日 (金曜)

  • 05:30 起床
  • 07:00 研究室着
  • 午前
  • 午後
    • 心理学,国語学の先生方とテキストマイニング打ち合わせ

_ 2009 年 10 月 22 日 (木曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着

_ 2009 年 10 月 21 日 (水曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 08:35-10:00 演習.朝一の授業をうっかり忘れていて,10分遅れて出講.
  • 午後
    • 14:35-16:00 講義
    • Moodle サーバーの調整

_ 2009 年 10 月 20 日 (火曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    •  大学の仕事でつぶれる
  • 午後.外へ食事
  • 14:30-16:05 演習

_ 2009 年 10 月 19 日 (月曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    •  S社から送られてきたドイツ語IT本を読む
    • D 大 J 先生から科研のご連絡
    • Bayesian Computation with Rの訳出を続ける.
    • 上記の初版では,ベータ分布の超母数を推定するのに,try and error (p.23)とあって,当時,読んでいて,「これで読者は納得するだろうか」と思ったものだが,今回訳出している第2版では,beta.select() という関数が実装されており,これを使って推定するという記述に変わっている.
      • beta.select()関数の出力がテキストと一致しない.丸めの問題なんだろうけど.
      • う〜ん,テキスト掲載の数値に間違いが多い.これを恐れていた.
  • 午後
    • 久保先生が訳出された Rグラフィクス を献本頂いた.ひもといてみると,訳文が「です,ます」調で,とても分かりやすい.

_ 2009 年 10 月 18 日 (日曜)

  • 特になし

_ 2009 年 10 月 17 日 (土曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着

_ 2009 年 10 月 16 日 (金曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着

_ 2009 年 10 月 15 日 (木曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • Xcode 再確認
    •  S社から送られてきたドイツ語IT本を読む
  • 午後
    •  14:35-19:30 もろもろの会議

_ 2009 年 10 月 14 日 (水曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 朝一でプログラミング授業
    •  S社から送られてきたドイツ語IT本を読む
  • 午後。工学部にて
    •  14:35-16:05 講義
    • 久しぶり Ubuntu で Lattice グラフを作成しようとしたら
semi-transparency not supported on device 

のメッセージ.R-2.9.0 から Cairo 周りが強化されたためか.慌てて Cairo 関連のライブラリを追加.

_ 2009 年 10 月 12 日 (火曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着

_ 2009 年 10 月 12 日 (月曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • ベイズ統計データ分析 を引っ張り出して,眺めはじめる.これと入門ベイズ統計学 は,分かりやすく書かれていると思うけど,そのための事例が前者はゴルフ,後者は金融工学,事例が特殊すぎて(少なくとも私はゴルフに興味はない),そこで興味を失う読者もいるのではないだろうか.もっとも,わかりやすさでは,生態学のためのベイズ法 が一番. 実用的という意味では, マルコフ連鎖モンテカルロ法 が一番か.
    • ベイズ統計データ分析 のデータをダウンロードしてみた.解凍したらフォルダ名やらファイル名が,全角日本語である.今時,文句を言って悪いのだが,個人的には半角アルファベットだと有り難かった.
      • 本文誤植,コードミス,記述ミスが異様に多いなぁ...
      • p.14-15. で一様分布に言及しているが,式や計算コードはまったく無いにもかかわらず,p.26 では「すでに計算過程をみたように」とある.原稿が欠けたのだろうか?
    • 疲れたので,やめた.そろそろ仕事にかかろう.
  • 午後
\usepackage{Sweave}

とある.include されたファイルを眺めると,コード部分は確かに

\begin{Schunk}
\begin{Sinput}
  > ps = sample(p, replace = TRUE, prob = post)
\end{Sinput}
\end{Schunk}

となっている. しかし,原稿TeXソース自体は Lattice Multivariate Data Visualization with RR Through Excel と比べるとシンプル.

  • 充電

_ 2009 年 10 月 11 日 (日曜)

  • 特記無し

_ 2009 年 10 月 10 日 (土曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • あれこれたまっていた本を眺める

_ 2009 年 10 月 9 日 (金曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • Mac Leopard で R をソースからインストールしてみた. 問題なくコンパイルでき,コマンドラインで使えるようになったのだが R CMD SHLIB の挙動がおかしい.
  • 午後.来客と食事
    • ぼけていた。パッケージのコンパイルは
      R CMD build --binary packageName
      であって
      R CMD SHLIB build --binary packageName
      R CMD -build --binary packageName
      ではない.

_ 2009 年 10 月 8 日 (木曜)

  • 06:00 起床
    • 台風はたいしたことなかった
  • 07:30 研究室着
  • 午前
  • 午後
    • 情報処理の基礎II

_ 2009 年 10 月 7 日 (水曜)

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 朝一でプログラミング授業.
    • iPod Touch の音が鳴らなくなった.初期化する.
      • すると iTunes で iPodTouch? の項目がすべてグレーになり,操作できない.iTunes 上で「手動で管理」を選ばないといけないらしい.
    • R Through Excel の見直し作業
  • 午後

_ 2009 年 10 月 6 日 (火曜) 雨

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
  • 午後.工学部脇のベルマン.いかにも学生飯.
    • 情報処理の基礎1
    •  iPhone 関連
    • 台風が8日にも上陸というので、休講の条件を調べる。大学のサイトをいくら調べても分らんので、ググると、徳島大学休校規定が出てきた。
      • 警報発令時の対応
暴風警報と大雨警報
暴風警報と洪水警報
大雪警報
  • のいずれかが徳島県北部に発令されたとき,休講となります.
午前7時の時点で発令午前中は休講 
午前11時の時点でも発令中午後も休講
授業開始後に発令されたとき,次の時限から休講

_ 2009 年 10 月 5 日 (月曜) 曇

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
  • 午後
    • 古い core3duo マシンに 64 bit Ubuntu 9.04 をインストールし,開発環境整備. で R と MeCab? をいれて,RMeCab 64 bit 版を作成する.

_ 2009 年 10 月 4 日 (日曜) 晴

_ 2009 年 10 月 3 日 (土曜) 晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
  • 午後
    • 16:00 歯医者.待ち時間を含めて1時間半かかった.
    • 瀬戸内Linux 会をのぞく

_ 2009 年 10 月 2 日 (金曜) 雨

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • じめじめしてかなわん.
  • 午前
    • DELL のデスクトップマシンが,起動しなくなった.電源を入れた直後の DELL メーカーロゴで止まり,F2 などを押しても,BIOS 設定画面にも移行してくれない.何度やっても甲斐なし.CMOS クリアで何とかなるだろうか?と思いつつ,とりあえず,いったんコンセントを抜いて,しばらく待った後,もう一度電源いれると起動した.
  • 午後
    • R Through Excel の見直し作業.
    • S 社よりドイツ語の本が送られてきた.

_ 2009 年 10 月 1 日 (木曜) 晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
  • 午後
    • 後期最初の授業.『情報処理の基礎』
 
Link: RMeCab(1d) 過去の日録(2277d) PHP_XML(2842d)
Last-modified: 2009-11-01 (日) 08:34:11 (2823d)