日録2009年6月のバックアップ(No.42)

過去の日録

Lattice Multivariate Data Visualization with R

_ 2009年 6月 27 日 (土) 曇

07:00 起床
08:15 研究室

午前
- R-2.9.1 がreleaseされたそうだが，筑波CRANにはまだソースが登録されていなかった．なので本家から取得． http://cran.r-project.org/src/base/R-2/R-2.9.1.tar.gz
- とりあえず RMeCab の動作確認はできた．Linux, Windows XP , Vista とも正常に動作．
午後．蓬莱

↑

_ 2009年 6月 26 日 (金) 曇

05:45 起床
07:15 研究室
libssl0.9.8 openssl アップデート

午前
- 「文系のための数学」
午後．来客と食事
- iPhone/iPod で View を回転させる際，View 上のコントロールを個別に処理する方法を検討．

↑

_ 2009年 6月 25 日 (木) 晴

05:45 起床
07:15 研究室
libsasl2-2 アップデート

午前
- 区間推定の説明をする必要があるのだが，数式をMoodleにださにゃならん．しばらく使っていなかったがmimetex は利用可能か？

#mimetex(z = \frac{\bar{x} - \mu}{\sigma / \sqrt{n}})

&mimetex(\bar{x} -1.96 \frac{\sigma}{\sqrt{n}}); < &mimetex( \mu); < &mimetex( \bar{x} + 1.96 \frac{\sigma}{\sqrt{n}} );

午後.久しぶり工学部食堂で栄養定食．例によって非常にまずいが，近いし，手っ取り早い．かやくご飯と鳥フリッター，肉じゃが（肉は見あたらないが），味噌汁．

iPhone/iPod ワーク

↑

_ 2009年 6月 24 日 (水) 曇

06:00 起床
07:25 研究室
gstremaer0.10アップデート

午前
- iPhone/iPod の P2P接続とデータ交換の方法をおおむね把握した．
午後
- 14:35-16:00 講義

↑

_ 2009年 6月 23 日 (火) 晴

06:00 起床
07:25 研究室
gstremaer0.10アップデート

午前
- iPhone/iPod の P2P接続とデータ交換を調べる
午後
- 14:35-18:00 演習

↑

_ 2009年 6月 22 日 (月) 曇

06:00 起床
07:25 研究室

午前
- iPod Touch および iPhone SDK を3.0にアップ．
午後．蓬莱
- Bluetooth 接続の実験

↑

_ 2009年 6月 21 日 (日) 曇

充電

↑

_ 2009年 6月 20 日 (土) 曇

06:15 起床
07:55 研究室
file, libmagic, tzdata, tzdata-java アップデート

午前
- iPhone/iPod
午後
- iPhone/iPod

↑

_ 2009年 6月 19 日 (金) 晴

05:45 起床
07:15 研究室
app-install-data-commercial アップデート．なんだこりゃ？

午前
- 演習「文系のための数学」．

↑

_ 2009年 6月 18 日 (木) 晴

05:45 起床
07:15 研究室

午前
- Mac にはデフォルトで SQLite が入っている．なのでWordNet? 日本語版をiPhoneで使えるか試してみる．

↑

_ 2009年 6月 17 日 (水) 晴

06:00 起床
07:25 研究室

午前
- Mac Leopard にデフォルトで入っている mecab は辞書が UTF-16になっていることに気が付いた．
午後．蓬莱

↑

_ 2009年 6月 16 日 (火) 晴

07:25 起床
09:00 研究室

午前
- 科研執行のための書類が一つたまっていた．
午後．蓬莱

↑

_ 2009年 6月 15 日 (月) 曇

06:25 起床
暑いので，疲れが取れない．

午後
統計数理研究所で簡単な報告をする．
- いろいろな分野の人から意見を聞くことができ，非常に参考になる．
夕方の飛行機で帰宅

↑

_ 2009年 6月 14 日 (日) 曇

06:25 起床

統計数理研究所へ出張

↑

_ 2009年 6月 13 日 (土) 曇

06:25 起床
07:45 研究室
firefox, xulrunner update

午前
- RCaBoCha_0.20の調整．Ubuntu にインストールした VMware 上の WindowsXP で実験すると，おおむね大丈夫そうである．ただファイルを指定する際，フォルダ名を含めたパスを指定すると，その瞬間に R が落ちることがある．フォルダ名指定を外すと問題ない．妙だな．フォルダ名取得に問題があるのだろうか？ Linux では全然問題ないのだが．そこで Windowsパソコン３台を引っ張り出し，WindowsXP，Vista それぞれで試すが，正常に動作し，何の問題はない．どうやら Ubuntu 上のバーチャルマシンでの問題らしい．利用できるメモリに問題だろうか．しかし，試用した３台のWindowsパソコンのうち，一つはスペックの貧弱なミニノートだったが，データ大きくなるとさすがに解析に時間がかかったが，それでも落ちはしない．どうも Vmware上のファイルシステムの問題のような気もする．
午後
- Mac OS X 版RCaBoCha _0.20の準備．Boost をソースから入れる．とりあえず boost_1_33_1 を入れておく boost-jam-3.1.13 もダウンロードし，解凍後，ディレクトリを移り

$ ./build.sh

を実行すると MacOX86用の bjam がコンパイルされるので，これを boost_1_33_1を解凍したディレクトリにコピーし，

$ ./bjam -sTOOLS=darwin stage

を実行する．Python のパスは PYTHON_ROOT が

/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.4

PYTHON_LIB_PATH が currently

PYTHON_INCLUDE_PATH が

/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.4/include/python2.4

と自動的にセットされた．Python を使うことはないのだが，バージョンは適切なのだろうか？

$ ./bjam -sTOOLS=darwin install
$ sudo cp -r boost_1_31_1/boost /usr/local/include

Mac で RCaBoCha_0.20 をコンパイルし，使ってみる．問題なさそうだ．

↑

_ 2009年 6月 12 日 (金) 曇

05:45 起床
07:15 研究室

午前
- 文系のための数学．今日も担当ではないが，一応，教室には出向く．が，内職．Boost_library を利用した CPP ソースを Windows 上でコンパイルすることを試みる．特に問題なし．
午後
- R 用のCPP ファイルにBoost を含めるのだが，Linux や Mac ではコンパイルできるが，mingw on Windows では

mingw32/4.2.1-sjlj/include/c++/3.3/bits/codecvt.h:110:52:
 macro "length" passed 4 arguments, but takes just 1

のエラー．これまで cpp の stream 系は用心深く避けてきた．ここで紹介されているような典型的なエラーがあるからである．しかし，今回のはエラーはつぶすのがやっかいそうだ．

やっかいそうだなと思ったのだが，

#include<boost/tokenizer.hpp>

の位置を，R 関連のヘッダよりも上に移動したら，あっさりコンパイラが通った．改めてググってみると，同様の回答があった．

↑

_ 2009年 6月 11 日 (木) 曇

05:45 起床
07:15 研究室
libaprutil1 update

午前
- 重版の連絡．
午後．工学部
- vmware-config.pl 再実行．Kernel のバージョンアップ後，一度も実行していなかったらしい．

↑

_ 2009年 6月 10 日 (水) 曇

05:45 起床
07:15 研究室
libmagick10 update

午前
- よそ様のサーバーの設定を調整してあげる．ごちゃごちゃしていたり，抜けていたりと，思ったよりも手間取った．
　午後
- 　14:35-16:00　講義
- Firefox に欧米語インライン機能をつける。about:config で layout.spellcheckDefault を2に設定.これで1行テキストフィールドでも使えるようになる。ただし辞書を追加する必要がある。Googleの検索入力欄あたりで右クリックし、メニューの辞書の追加をクリックして、適当にインストールする。

↑

_ 2009年 6月 9 日 (月) 曇

05:45 起床
07:15 研究室

午前
- 大学院授業資料の準備
午後
- 14:35-17:00 演習

↑

_ 2009年 6月 8 日 (月) 曇

05:45 起床
07:15 研究室

午前
- RCaBoCha を大幅に修正した．来週後半以降，公開する．
午後
- boost/tokenizer.hpp のプログラムチェック．使えそう．

↑

_ 2009年 6月 7 日 (日) 晴

充電

↑

_ 2009年 6月 6 日 (土) 曇

06:45 起床
08:15 研究室
pm-utils update

午前
RCaBoCha 実装

↑

_ 2009年 6月 5 日 (金) 曇

05:45 起床
07:15 研究室

午前
- 08:35-10:10 まで「文系のための数学」担当
- Mac 版 ESS で R を起動したらローケルが C になっている． emacs.elに以下を追記したら，日本語で起動できた．しばらく Mac でESS を使っていなかったのだが，以前は，以下2行はなくとも日本語モードで起動したような気がするのだが．
```
(set-locale-environment "utf-8")
(setenv "LANG"  "ja_JP.UTF-8")
```

ついでに ESS 上では

options(device = "quartz")

と指定する．

午後．来客と食事

↑

_ 2009年 6月 4日 (木) 曇

05:45 起床
07:15 研究室
cups, purple, pidgin アップデート有り

午前
- RMeCab のメモリ回りを調整

↑

_ 2009年 6月 3日 (水) 雨

06:00 起床
07:30 研究室

午前
- synaptic で libboost-dev libboost-dbg をインストール．
- CaBocha? のインターフェイスを使ったコードでmbstowcsを使っているのだが，文字列が長くなると buffer overflow detected となるローケルを C にセットすればいいのだが，そうすると，それ以降の実装で問題が生じる．う～ん，実装を見直すか．．．
午後
- 14:35-16:05 講義
- CaBoCha インターフェイスのbuffer overflow 問題解決．つまらないところを見落としていた．

↑

_ 2009年 6月 2日 (火) 晴

06:00 起床
07:30 研究室
cron update

午前
- 金先生の著作のコードを使って igraph_0.5.2-2 のネットワークを描こうとすると，次のエラーに遭遇した．

[tcl] bad screen distance "R_call 0xa4bd9d4 2.122e-314raph".

tcl/tkは8.5なのだが，サンプルコードなどは動くので，どうやらこのバージョンの igraph ではコードに修正が必要なようだ．金先生のコードに関しては，単に vertex.size=1 を省けば描画された．

午後
- 14:35-16:05 演習
- RCaBoCha の開発に入る．

↑

_ 2009年 6月 1日 (月) 晴

06:00 起床
07:30 研究室

午前
- 久しぶりに「論文」にシフト
午後．蓬莱小．若い人が調理してくれたが，いまいち．
- igraph パッケージを使おうと思ったら，Tcl.Tk が無いと言われる． Synaptic からインストールして，R をコンパイルし直す．Tck Tk をサポートした R バイナリだと，install.pacakgesを実行するたびに，レポジトリを指定するウィジェットが起動する．.Rprofile に以下を追記．

options(repos="http://cran.md.tsukuba.ac.jp")

emacs.ubuntu.8.10.Atok.el の設定を変更

アールメカブ