日録2009年6月 - RとLinuxと...

RとLinuxと...


日録2009年6月

過去の日録

Lattice Multivariate Data Visualization with R

lattice113.png

_ 2009年 6月 30 日 (火) 雨

  • 06:00 起床
  • 07:25 研究室
  • 午前
    • 昨日の iPhone で 後からaddSubview した View の件.
newView.autoresizesSubviews = YES;
newView.autoresizingMask = (UIViewAutoresizingFlexibleWidth |
         UIViewAutoresizingFlexibleHeight);
[self.view addSubview:newView];

で縦横の比率を iPhone の向きと調整してくれる.

  • 工学部の事務から JABEE 関連の書類を出せといってきた.
  • 午後
    • clive_mitter_ffmpeg_avidemux をメインマシンに導入
    • R_Lattice校正に関する連絡が来た.

_ 2009年 6月 29 日 (月) 曇

  • 05:45 起床
  • 07:15 研究室
  • 午前
    • しばらくネットワークにつなげないので,また部局の DNS が落ちているんだろうと思っていたら,自分のPCのDNS設定が消えていた.いや,正確にはルータ経由でドメイン検索ができないので,マシンの側で DNS を直に指定する必要がある.利用中に突然そうなった理由が分からん.
  • 午後
    • iPhone で 後からaddSubview した View には
[willRotateToInterfaceOrientation:toInterfaceOrientation
duration: duration] 

が効かない。

[[[self subviews] lastObject] 
   willRotateToInterfaceOrientation:toInterfaceOrientation
duration: duration] 

は効くだろうか?

_ 2009年 6月 28 日 (日) 晴

_ 2009年 6月 27 日 (土) 曇

  • 07:00 起床
  • 08:15 研究室
  • 午前
    • R-2.9.1 がreleaseされたそうだが,筑波CRANにはまだソースが登録されていなかった.なので本家から取得. http://cran.r-project.org/src/base/R-2/R-2.9.1.tar.gz
    • とりあえず RMeCabRCaBoCha の動作確認はできた.Linux, Windows XP , Vista とも正常に動作.例によって Mac 版は筑波 CRAN にはまだ登録されておらず.
  • 午後.蓬莱

_ 2009年 6月 26 日 (金) 曇

  • 05:45 起床
  • 07:15 研究室
  • libssl0.9.8 openssl アップデート
  • 午前
    • 「文系のための数学」
  • 午後.来客と食事
    • iPhone/iPod で View を回転させる際,View 上のコントロールを個別に処理する方法を検討.

_ 2009年 6月 25 日 (木) 晴

  • 05:45 起床
  • 07:15 研究室
  • libsasl2-2 アップデート
  • 午前
    • 区間推定の説明をする必要があるのだが,数式をMoodleにださにゃならん.しばらく使っていなかったがmimetex は利用可能か?
a math image

a math image < a math image < a math image

  • 午後.久しぶり工学部食堂で栄養定食.例によって非常にまずいが,近いし,手っ取り早い.かやくご飯と鳥フリッター,肉じゃが(肉は見あたらないが),味噌汁.
  • iPhone/iPod ワーク

_ 2009年 6月 24 日 (水) 曇

  • 06:00 起床
  • 07:25 研究室
  • gstremaer0.10アップデート
  • 午前
    • iPhone/iPod の P2P接続とデータ交換の方法をおおむね把握した.
  • 午後
    • 14:35-16:00 講義

_ 2009年 6月 23 日 (火) 晴

  • 06:00 起床
  • 07:25 研究室
  • gstremaer0.10アップデート
  • 午前
    • iPhone/iPod の P2P接続とデータ交換を調べる
  • 午後
    • 14:35-18:00 演習

_ 2009年 6月 22 日 (月) 曇

  • 06:00 起床
  • 07:25 研究室
  • 午前
    • iPod Touch および iPhone SDK を3.0にアップ.
  • 午後.蓬莱
    • Bluetooth 接続の実験

_ 2009年 6月 21 日 (日) 曇

  • 充電

_ 2009年 6月 20 日 (土) 曇

  • 06:15 起床
  • 07:55 研究室
  • file, libmagic, tzdata, tzdata-java アップデート
  • 午前
    • iPhone/iPod
  • 午後
    • iPhone/iPod

_ 2009年 6月 19 日 (金) 晴

  • 05:45 起床
  • 07:15 研究室
  • app-install-data-commercial アップデート.なんだこりゃ?
  • 午前
    • 演習「文系のための数学」.

_ 2009年 6月 18 日 (木) 晴

  • 05:45 起床
  • 07:15 研究室
  • 午前
    • Mac にはデフォルトで SQLite が入っている.なのでWordNet? 日本語版をiPhoneで使えるか試してみる.

_ 2009年 6月 17 日 (水) 晴

  • 06:00 起床
  • 07:25 研究室
  • 午前
    • Mac Leopard にデフォルトで入っている mecab は辞書が UTF-16になっていることに気が付いた.
  • 午後.蓬莱

_ 2009年 6月 16 日 (火) 晴

  • 07:25 起床
  • 09:00 研究室
  • 午前
    • 科研執行のための書類が一つたまっていた.
  • 午後.蓬莱

_ 2009年 6月 15 日 (月) 曇

  • 06:25 起床
  • 暑いので,疲れが取れない.
  • 午後
  • 統計数理研究所で簡単な報告をする.
    • いろいろな分野の人から意見を聞くことができ,非常に参考になる.
  • 夕方の飛行機で帰宅

_ 2009年 6月 14 日 (日) 曇

  • 06:25 起床
  • 統計数理研究所へ出張

_ 2009年 6月 13 日 (土) 曇

  • 06:25 起床
  • 07:45 研究室
  • firefox, xulrunner update
  • 午前
    • RCaBoCha_0.20の調整.Ubuntu にインストールした VMware 上の WindowsXP で実験すると,おおむね大丈夫そうである.ただファイルを指定する際,フォルダ名を含めたパスを指定すると,その瞬間に R が落ちることがある.フォルダ名指定を外すと問題ない.妙だな.フォルダ名取得に問題があるのだろうか? Linux では全然問題ないのだが. そこで Windowsパソコン3台を引っ張り出し,WindowsXP,Vista それぞれで試すが,正常に動作し,何の問題はない.どうやら Ubuntu 上のバーチャルマシンでの問題らしい.利用できるメモリに問題だろうか.しかし,試用した3台のWindowsパソコンのうち,一つはスペックの貧弱なミニノートだったが,データ大きくなるとさすがに解析に時間がかかったが,それでも落ちはしない.どうも Vmware上のファイルシステムの問題のような気もする.
  • 午後
    • Mac OS X 版RCaBoCha _0.20の準備.Boost をソースから入れる. とりあえず boost_1_33_1 を入れておく boost-jam-3.1.13 もダウンロードし,解凍後,ディレクトリを移り
$ ./build.sh

を実行すると MacOX86用の bjam がコンパイルされるので,これを boost_1_33_1を解凍したディレクトリにコピーし,

$ ./bjam -sTOOLS=darwin stage

を実行する.Python のパスは PYTHON_ROOT が

/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.4

PYTHON_LIB_PATH が currently

PYTHON_INCLUDE_PATH が

/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.4/include/python2.4

と自動的にセットされた.Python を使うことはないのだが,バージョンは適切なのだろうか?

$ ./bjam -sTOOLS=darwin install
$ sudo cp -r boost_1_31_1/boost /usr/local/include
  • Mac で RCaBoCha_0.20 をコンパイルし,使ってみる.問題なさそうだ.

_ 2009年 6月 12 日 (金) 曇

  • 05:45 起床
  • 07:15 研究室
  • 午前
    • 文系のための数学.今日も担当ではないが,一応,教室には出向く.が,内職.Boost_library を利用した CPP ソースを Windows 上でコンパイルすることを試みる.特に問題なし.
  • 午後
    • R 用のCPP ファイルにBoost を含めるのだが,Linux や Mac ではコンパイルできるが,mingw on Windows では
mingw32/4.2.1-sjlj/include/c++/3.3/bits/codecvt.h:110:52:
 macro "length" passed 4 arguments, but takes just 1

のエラー.これまで cpp の stream 系は用心深く避けてきた.ここで紹介されているような典型的なエラーがあるからである.しかし,今回のはエラーはつぶすのがやっかいそうだ.

  • やっかいそうだなと思ったのだが,
#include<boost/tokenizer.hpp>

の位置を,R 関連のヘッダよりも上に移動したら,あっさりコンパイラが通った.改めてググってみると,同様の回答があった.

_ 2009年 6月 11 日 (木) 曇

  • 05:45 起床
  • 07:15 研究室
  • libaprutil1 update

_ 2009年 6月 10 日 (水) 曇

  • 05:45 起床
  • 07:15 研究室
  • libmagick10 update
  • 午前
    • よそ様のサーバーの設定を調整してあげる.ごちゃごちゃしていたり,抜けていたりと,思ったよりも手間取った.
  •  午後
    •  14:35-16:00 講義
    • Firefox に欧米語インライン機能をつける。about:config で layout.spellcheckDefault を2に設定.これで1行テキストフィールドでも使えるようになる。ただし辞書を追加する必要がある。Googleの検索入力欄あたりで右クリックし、メニューの辞書の追加をクリックして、適当にインストールする。

_ 2009年 6月 9 日 (月) 曇

  • 05:45 起床
  • 07:15 研究室
  • 午前
    • 大学院授業資料の準備
  • 午後
    • 14:35-17:00 演習

_ 2009年 6月 8 日 (月) 曇

  • 05:45 起床
  • 07:15 研究室
  • 午前
    • RCaBoCha を大幅に修正した.来週後半以降,公開する.
  • 午後

_ 2009年 6月 7 日 (日) 晴

  • 充電

_ 2009年 6月 6 日 (土) 曇

  • 06:45 起床
  • 08:15 研究室
  • pm-utils update

_ 2009年 6月 5 日 (金) 曇

  • 05:45 起床
  • 07:15 研究室
  • 午前
    • 08:35-10:10 まで「文系のための数学」担当
    • Mac 版 ESS で R を起動したらローケルが C になっている. emacs.elに以下を追記したら,日本語で起動できた.しばらく Mac でESS を使っていなかったのだが,以前は,以下2行はなくとも日本語モードで起動したような気がするのだが.
      (set-locale-environment "utf-8")
      (setenv "LANG"  "ja_JP.UTF-8")

ついでに ESS 上では

options(device = "quartz")

と指定する.

  • 午後.来客と食事

_ 2009年 6月 4日 (木) 曇

  • 05:45 起床
  • 07:15 研究室
  • cups, purple, pidgin アップデート有り
  • 午前
    • RMeCab のメモリ回りを調整

_ 2009年 6月 3日 (水) 雨

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室
  • 午前
    • synaptic で libboost-dev libboost-dbg をインストール.
    • CaBocha? のインターフェイスを使ったコードでmbstowcsを使っているのだが,文字列が長くなると buffer overflow detected となるローケルを C にセットすればいいのだが,そうすると,それ以降の実装で問題が生じる.う〜ん,実装を見直すか...
  • 午後
    • 14:35-16:05 講義
    • CaBoCha インターフェイスのbuffer overflow 問題解決.つまらないところを見落としていた.

_ 2009年 6月 2日 (火) 晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室
  • cron update
  • 午前
    • 金先生の著作のコードを使って igraph_0.5.2-2 のネットワークを描こうとすると,次のエラーに遭遇した.
[tcl] bad screen distance "R_call 0xa4bd9d4 2.122e-314raph".

tcl/tkは8.5なのだが,サンプルコードなどは動くので,どうやらこのバージョンの igraph ではコードに修正が必要なようだ.金先生のコードに関しては,単に vertex.size=1 を省けば描画された.

  • 午後
    • 14:35-16:05 演習
    • RCaBoCha の開発に入る.

_ 2009年 6月 1日 (月) 晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室
  • 午前
    • 久しぶりに「論文」にシフト
  • 午後.蓬莱小.若い人が調理してくれたが,いまいち.
    • igraph パッケージを使おうと思ったら,Tcl.Tk が無いと言われる. Synaptic からインストールして,R をコンパイルし直す.Tck Tk をサポートした R バイナリだと,install.pacakgesを実行するたびに,レポジトリを指定するウィジェットが起動する..Rprofile に以下を追記.
options(repos="http://cran.md.tsukuba.ac.jp")
  • emacs.ubuntu.8.10.Atok.el の設定を変更
 
Link: RMeCab(1d) RCaBoCha(1759d) 過去の日録(2277d) CaBoCha(2525d) R_Lattice(2931d) Boost_tokenizer(2965d)
Last-modified: 2009-07-04 (土) 09:33:08 (2943d)