日録2009年8月 - RとLinuxと...

RとLinuxと...


日録2009年8月

過去の日録

lattice113.png

Lattice Multivariate Data Visualization with R

_ 2009 年 8 月 29 日(土)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 先週末にS社より契約書2通が届いている。
    • HDを発注。何でもいいから至急納品してくれと・
  • 午後
    • 大学の雑用が怒涛のように押し寄せる。

_ 2009 年 8 月 30 日(日)晴

  • 自宅

_ 2009 年 8 月 29 日(土)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • ServerのHDの寿命が近いもよう.
    • 念のためバックアップをしつこく取るが、HDの 方は、もはやよたよた。
  • 午後
    • 研究室移転まで約2週間近く、エアコンもない暑い部屋においていたせいだろうか。
    • やまだ電気に行くと、内蔵HDは品数も少なく、しかもUltraATAばかりだ。
    • 結局、一日何もできず、サーバーをとめて帰宅。

_ 2009 年 8 月 28 日(金)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • Vista からデフォルトで入っていた Norton を抜こうとするが,LiveUpdate? なるものだけが,[プログラムの削除]を使ってアンインストールできない(ようにみえる).仕方なくレジストリをいぢる.Windows系のPCメーカーは,こんなものをデフォルトでインストールして売るな.

_ 2009 年 8 月 27 日(木)曇

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 久しぶり原稿を書き始めたのだが \noindent を補完するショートカットを忘れてしまった.
    • RExcel の準備にかかる。10月末には終えて,次の Bayes に移りたい。
  • 午後.第2食堂ランチ.
    • Vista ってのは,つくづく腹の立つOSだ.こんなものを日常使っている人の気がしれん.

_ 2009 年 8 月 26 日(水)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • S社から新規の二冊について連絡あり.
  • 午後.コンビニ.
    • 久しぶりでドイツ語の本を読む.Methode der kleinsten Fehlerquadrate と出てきた.前後関係から最小自乗法のことらしい.
    • 充電

_ 2009 年 8 月 25 日(火)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • R-2.9.2がリリースされたので、RMeCab, R2MeCab をアップデート。ついでに,docNgram2() 関数と docNgramDF() 関数に残っていたバグを修正しておく.
    • RCaBoCha作成のため boost_1_35 をUbuntuに入れる。
    • さらに Windows XP (on Ubuntu 9.04) に Boost-1_33_1 を入れて,jam を使ってコンパイルを始めるが,これがなかなか終わらん.
  • 午後
    • iMac にも Boost をインストール.こっちは,正しい?手順がわからんので,上記 XP でのコンパイル方法を踏襲する.
    • boostをインストールしたので,RCaBoCha もヴァージョンアップする.こちらは機能の追加や修正は行っていない.
    • 舟尾 暢男 先生(著) R流!イメージで理解する統計処理入門 を献本頂いた.どうもありがとうございます.

_ 2009 年 8 月 24 日(月)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • サーバーを再稼働
    • 週末 RMeCab の NgramDF() 関数と NgramDF2() 関数の出力が一致していないとの指摘を受けた.研究室引っ越し作業が一段落したので,ソースを見直すと,変数名を間違えるという,とんでもないポカをしていた.
    • 今日明日,Rの新しいバージョンR-2.9.1 が出るのは分かっているのだが,R-2.9.1用の RMeCab バイナリを作成して公開しておく.
  • 午後。第2章食堂。Special。メンチカツ。ほかにも何かあったような気がするが忘れた。
    • RMeCab 0.83 を公開。これは R-2.9.1 で作成したので、つい今しがた release された R-2.9.2 用のバイナリは、また別に作成しなければいけない。

_ 2009 年 8 月 23 日(日)晴

  • 午後
    • 11:30 - 18:15 研究室移転作業に立ち会う.
    • 業者任せかと思いきや,意外にも,あれこれ荷物運びをすることがあり,かなり消耗する.

_ 2009 年 8 月 22 日(土)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着

_ 2009 年 8 月 21 日(金)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着

_ 2009 年 8 月 20 日(木)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 生態学のためのベイズ法 を続ける.サンプルの解析は JAGS + rjags で実行しているが,データは WinBUGS の形式で与えられているので,データを取り出すためだけに Wine を起動するのが,面倒.
    • 上記の本は,コード部分の解説がまるで訳されていない.やっぱり訳すべきだろう.ところが,翻訳掲載のコードコメントの内容が変である.原著者サイトからダウンロードしたコードと照らし合わせてみると,後者の方では修正されている.翻訳に掲載されたコードと,そのコメントは信用しない方がよさそう.
  • 午後.第2食堂スペシャル.チキン

_ 2009 年 8 月 19 日(水)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着

_ 2009 年 8 月 18 日(火)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • WinBUGS では2変量正規の分布のデータを与える場合,data に対して,単純にリストを二つ与えればいいようだが,JAGSでの与え方がよく分からない.それぞれ別々に与えて分析する手もあるが,同時に実行したい.
    • WinBUGS にあるスカラー値を返す rank(), ranked() も JAGS では挙動が違う.WinBUGS 1.4 マニュアルによれば
rank(v, s)  # number of components of v less than or equal to v_s
ranked (v, s)  # the s_th smallest component of v
  • 午後
    • 15:00から16:30までテキストマイニングに関する会議

_ 2009 年 8 月 17 日(月)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • s社に書類送付.
  • 午後.第2食堂.鳥のフリッター?
    • rjags のモデルで初期値に0.5を与えたら
d = c(0.5, 0.5)

エラーが出た.

Current value is inconsistent with data

モデル的には問題ないはずなのになぁ,と思って,何気なく以下のように変更したら通った.

d = c(.5, .5) 

_ 2009 年 8 月 16 日(日)晴

  • 特に変わったことなし
    • 充電

_ 2009 年 8 月 15 日(土)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着

_ 2009 年 8 月 14 日(金)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
  • 午後
    • R 2.9.2 Scheduled for August 24, 2009 という通知が来た.またバージョンアップか.
    • Bayesian Computation with R を改めて眺める.読むだけでは感触がつかめないので,少し訳したりしている.
    • R Through Excel も出たようだ.これは,さくっとできそう.

_ 2009 年 8 月 13 日(木)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 研究室の整理もおおむね終わったので,昨日の片付けをして,ラボに向かう.
    • Dynamic Objective-Cのメソッドパッシングというのがよく分からないので,Dynamic Objective-C を読む.メソッドパッシングという言葉自体は出てこないのだが,「メソッドとは何か」以降に詳しく書いてあって,非常にわかりやすい.
  • 午後.近くのスーパーで弁当.
    • 生態学のためのベイズ法 を読む.これは和書の中では,初心者にも非常に取っつきやすい本だろう.ただ Ubuntu/Mac 上で rjags を使っているものからすると,サイトのデータは使いにくい.WinBUGS のデータ形式なのである.それに,掲載コードに少し間違いがある.
    • さらに rjags 独特の面倒もある.WinBUGS なら,以下のように書けるが,rjags では Y が再定義されたと怒られる.
      Y [i] <- log( C3 [i] + 1)
      Y [i] ~ dnorm (mean [i] , prec)
      なので,これを回避すべく,たとえばモデル定義で
data = list( LONG = dat$LONG, LAT = dat$LAT, C3 = dat$C3, 
             Y = log(dat$C3 + 1 )),

などとしなければならない. そのほか,任意のxに対する予測値yをシミュレートするにも,若干コードを書き直す必要がある.

_ 2009 年 8 月 12 日(水)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 研究室の片付けを今日中に終えるべく,途中,水を飲むだけで,夕方17時までぶっ通しで作業する.
  • 午後
    • 17:00 作業終了.いくつかの書類を整理しなければならないが,まあ,95% 作業が完了した.
    • 阿波踊りが始まったので,18時過ぎると街が混み合ってくる.その前に自宅に帰る.

_ 2009 年 8 月 11 日(火)快晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • いよいよ引っ越しも佳境に入ってきた
    • サーバーを旧研究室に仮移転
  • 午後.工学部食堂.スペシャル.カツの卵とじ?

_ 2009 年 8 月 10 日(月)大雨

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 総合科学部と工学部を挟む道路が水没してしまっており,ラボへ渡ることができない.
    • 仕方ないので,移転の準備をする.
  • 午後.工学部食堂でスペシャル.味噌カツ.さすがに誰もいない.

_ 2009 年 8 月 9 日(日)大雨

  •  大雨で,かつ蒸し暑い.

_ 2009 年 8 月 8 日(土)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • オープンキャンパス準備
  • 午後
    •  オープンキャンパス
    • Apple社の担当者を交えて慰労会.

_ 2009 年 8 月 7 日(金)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    •  「文系数学」最後の授業
  • 午後.来客と食事
    • iPhone関連企画
    • 明日のオープンキャンパス準備

_ 2009 年 8 月 6 日(木)雨

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 移転に向けた作業を少しずつ行う
    • 出版社が送ってきてくれた原書に目を通す.
  • 午後
    • オープンキャンパス準備

_ 2009 年 8 月 5 日(水)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 移転に向けた作業を少しずつ行う
    •  iPhone関連の作業を同僚と続ける.別の同僚がサーバーやWebの管理をしてくれるはずだったのだが,実はサーバー等の知識がないことが判明し,結局,私がやった.
  • 午後
    • 出版社から相談のメール.
    •  充電

_ 2009 年 8 月 4 日(火)晴

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 朝から,インストールしたばかりの Ubuntu 9.04の設定。開発環境を入れ,TeX を入れ,R を入れ,MeCab? を入れ,VMpalyer を入れ,次に VMPlayer 上に XP, 同じく開発環境を整備する.
  • 午後

_ 2009 年 8 月 3 日(月)曇・雨

  • 06:00 起床
  • 07:30 研究室着
  • 午前
    • 出版社と新しい本についてやりとり.
    • Ubuntu 9.04 をインストールしようとしたら,CD が壊れていた..
  • 午後.Apple社の方と面談の予定.その前にK氏と食事に出る.
    • Ubuntu + USB無線Lan子機 + WPA2-PSK(AES)認証がうまくいかない。USB 機器は認識しており、周囲の無線も拾っているので、認証の問題だと思うのだが、GUI無線Manager や wpa_supplicant.config など、あれこれ試すも、接続に至らない。
  • etc/network/interfaces
auto lo
iface lo inet loopback

auto rausb0
iface rausb0 inet dhcp
wpa-driver wext
wpa-conf /etc/wpa_supplicant/wpa_supplicant.conf
  • wpa_supplicant.conf
ctrl_interface=/var/run/wpa_supplicant
ap_scan=2
network={
	ssid="hogehoge"
	#psk="hogehoge"
       psk=123456789...abcdef1234
	key_mgmt=WPA-PSK
	proto=RSN
	pairwise=CCMP
	group=CCMP
}
  • WEP接続にしてしまえという誘惑に駆られる。
  • それにしても暗号化の種類、多すぎる。ここに手短にまとまっていた。

_ 2009 年 8 月 2 日(日)晴

  • 自宅

_ 2009 年 8 月 1 日(土)曇・雨

  • 05:30 起床
  • 07:00 研究室着
  • 午前
    • 大学の雑用を片付ける
 
Link: RMeCab(108d) RCaBoCha(1877d) 過去の日録(2395d) RExcel(2465d) R2MeCab(2651d) Boost_Install(2762d)
Last-modified: 2009-09-01 (火) 22:37:48 (3002d)